3q24

X-ray crystal structure of the N4 mini-VRNAP and P2_7a promoter transcription initiation complex with pppGpG and pyrophosphate: product complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virion RNA polymerase

Enterobacteria phage N4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(TPGPCPCPTPCPCPCPAPGPGPCPAPTPCPCPAPAPAPAPGPAPAPGPCPGPGPAPGPCPTPTPCPTPTPC)-3') ; × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(TPGPCPCPTPCPCPCPAPGPGPCPAPTPCPCPAPAPAPAPGPAPAPGPCPGPGPAPGPCPTPTPCPTPTPC)-3') ; × 1 DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1 PYROPHOSPHATE 2- × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q859P9_BPN4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–1117； UniProt 998–2102 作者链 B； PDB构建体 13–1117； UniProt 998–2102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3q24
沉积日期 deposition_date	2010-12-19
结构标题 title	X-ray crystal structure of the N4 mini-VRNAP and P2_7a promoter transcription initiation complex with pppGpG and pyrophosphate: product complex
关键词 keywords	;PROTEIN-DNA COMPLEX, TWO-METAL CATALYSIS, DE NOVO TRANSCRIPTION INITIATION, NUCLEOTIDYLTRANSFERASE, INITIATION COMPLEX, DNA-HAIRPIN, VIRION RNA POLYMERASE, TRANSFERASE-DNA-RNA COMPLEX ;; TRANSFERASE/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3q24__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3q24__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3q24__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.47 Å
Rg（电子密度）	31.60 Å
总 Rg	32.20 Å
原子数	8955
残基数	1116
排除体积	157780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3q24__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3q24__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Virion RNA polymerase
分子量 formula_weight	123036.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	20260

MGGSHHHHHHRSESTVTEELKEGIDAVYPSLVGTADSKAEGIKNYFKLSFTLPEEQKSRTVGSEAPLKDVAQALSSRARYELFTEKETANPAFNGEVIKRYKELMEHGEGIADILRSRLAKFLNTKDVGKRFAQGTEANRWVGGKLLNIVEQDGDTFKYNEQLLQTAVLAGLQWRLTATSNTAIKDAKDVAAITGIDQALLPEGLVEQFDTGMTLTEAVSSLAQKIESYWGLSRNPNAPLGYTKGIPTAMAAEILAAFVESTDVVENIVDMSEIDPDNKKTIGLYTITELDSFDPINSFPTAIEEAVLVNPTEKMFFGDDIPPVANTQLRNPAVRNTPEQKAALKAEQATEFYVHTPMVQFYETLGKDRILELMGAGTLNKELLNDNHAKSLEGKNRSVEDSYNQLFSVIEQVRAQSEDISTVPIHYAYNMTRVGRMQMLGKYNPQSAKLVREAILPTKATLDLSNQNNEDFSAFQLGLAQALDIKVHTMTREVMSDELTKLLEGNLKPAIDMMVEFNTTGSLPENAVDVLNTALGDRKSFVALMALMEYSRYLVAEDKSAFVTPLYVEADGVTNGPINAMMLMTGGLFTPDWIRNIAKGGLFIGSPNKTMNEHRSTADNNDLYQASTNALMESLGKLRSNYASNMPIQSQIDSLLSLMDLFLPDINLGENGALELKRGIAKNPLTITIYGSGARGIAGKLVSSVTDAIYERMSDVLKARAKDPNISAAMAMFGKQAASEAHAEELLARFLKDMETLTSTVPVKRKGVLELQSTGTGAKGKINPKTYTIKGEQLKALQENMLHFFVEPLRNGITQTVGESLVYSTEQLQKATQIQSVVLEDMFKQRVQEKLAEKAKDPTWKKGDFLTQKELNDIQASLNNLAPMIETGSQTFYIAGSENAEVANQVLATNLDDRMRVPMSIYAPAQAGVAGIPFMTIGTGDGMMMQTLSTMKGAPKNTLKIFDGMNIGLNDITDASRKANEAVYTSWQGNPIKNVYESYAKFMKNVDFSKLSPEALEAIGKSALEYDQRENATVDDIANAASLIERNLRNIALGVDIRHKVLDKVNLSIDQMAAVGAPYQNNGKIDLSNMTPEQQADELNKLFREELEARKQKVAKA

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage N4
通用名 common_name	Bacteriophage N4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10752
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPCPTPCPCPCPAPGPGPCPAPTPCPCPAPAPAPAPGPAPAPGPCPGPGPAPGPCPTPTPCPTPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	11007.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

TGCCTCCCAGGCATCCAAAAGAAGCGGAGCTTCTTC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DIHYDROGENPHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	97.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2399

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3q24A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2440 —

结构域编号 domain_id	3q24A03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

结构域编号 domain_id	3q24A04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 —

结构域编号 domain_id	3q24A05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	3q24A06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3q24A08
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3q24B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2440 —

结构域编号 domain_id	3q24B03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

结构域编号 domain_id	3q24B04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 —

结构域编号 domain_id	3q24B05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	3q24B06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3q24B08
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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晶胞边长 a length_a	83.459 Å
晶胞边长 b length_b	111.790 Å
晶胞边长 c length_c	277.009 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	41.490 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2350

X-ray crystal structure of the N4 mini-VRNAP and P2_7a promoter transcription initiation complex with pppGpG and pyrophosphate: product complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virion RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3q24__assembly_1__model_1

3q24__assembly_1__model_1 | I(q)

3q24__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray crystal structure of the N4 mini-VRNAP and P2_7a promoter transcription initiation complex with pppGpG and pyrophosphate: product complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virion RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3q24__assembly_1__model_1

3q24__assembly_1__model_1 | I(q)

3q24__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)