← 返回搜索
3qb0

Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 143.9 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P80428

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–489 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.40 Å R-free 0.221
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–489 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.40 Å R-free 0.221
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–489 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.40 Å R-free 0.221
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–489 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.40 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3QB0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5I9E Crystal structure of a nuclear actin ternary complex 提交 2016-02-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–489（489 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
5I9E Crystal structure of a nuclear actin ternary complex 提交 2016-02-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–489（489 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–489（489 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
分辨率 2.80 Å R-free 0.204
5NBL Crystal structure of the Arp4-N-actin(APO-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–489（489 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ADP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate at pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
分辨率 2.80 Å R-free 0.204
5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–489（489 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
分辨率 3.40 Å R-free 0.193
5NBM Crystal structure of the Arp4-N-actin(ATP-state) heterodimer bound by a nanobody 提交 2017-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–489（489 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, 1.3-1.5 M sodium malonate pH 6.0, Subtilisin (1/6000; w(subtilisin)/w(protein))
分辨率 3.40 Å R-free 0.193
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–489（489 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–489（489 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5Y81 NuA4 TEEAA sub-complex 提交 2017-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–489（489 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
7VVY TRA module of NuA4 提交 2021-11-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–489（489 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.10 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 F 1–489（489 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å
8A5A Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80 提交 2022-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 W 1–489（489 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 W 1–489（489 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8ESC Structure of the Yeast NuA4 Histone Acetyltransferase Complex 提交 2022-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–489（489 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARP4_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 10–498； UniProt 1–489 作者链 B； PDB构建体 10–498； UniProt 1–489 作者链 C； PDB构建体 10–498； UniProt 1–489 作者链 D； PDB构建体 10–498； UniProt 1–489

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3qb0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3qb0
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qb0
沉积日期 deposition_date2011-01-12
结构标题 titleCrystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP
关键词 keywordsactin fold, ATP binding, Nucleus, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.04 Å
零角强度 I(0) i0575634000.00
分子量 molecular_weight195810.0 kDa
排除体积 excluded_volume245110 ų
包络体积 envelope_volume323110 ų
水化壳体积 shell_volume68250 ų
包络直径 envelope_diameter152.3 Å
壳层 Rg shell_rg45.14 Å
包络 Rg envelope_rg38.99 Å
形状 Rg shape_rg39.06 Å
总 Rg total_rg39.30 Å
总原子数 total_atoms13785
残基数 n_residues1717
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax143.9 Å
Rg (实空间) rg_real39.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real5.7560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal575600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8342
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.8 Å
偏度 Skewness skewness0.473
峰度 Kurtosis kurtosis0.088
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha138700000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.635; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.968
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id3qb0A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3qb0B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3qb0C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0C03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3qb0D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3qb0D03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)