3qcw

Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), no splice inserts

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurexin-1-alpha

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRX1A_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–227； UniProt 31–257 作者链 A； PDB构建体 228–328； UniProt 294–394 作者链 A； PDB构建体 329–724； UniProt 410–805 作者链 A； PDB构建体 726–1172； UniProt 816–1262 作者链 A； PDB构建体 1173–1235； UniProt 1293–1355 作者链 B； PDB构建体 1–227； UniProt 31–257 作者链 B； PDB构建体 228–328； UniProt 294–394 作者链 B； PDB构建体 329–724； UniProt 410–805 作者链 B； PDB构建体 726–1172； UniProt 816–1262 作者链 B； PDB构建体 1173–1235； UniProt 1293–1355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qcw
沉积日期 deposition_date	2011-01-17
结构标题 title	Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), no splice inserts
关键词 keywords	synaptic adhesion molecule, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3qcw__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3qcw__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3qcw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.40 Å
Rg（电子密度）	42.58 Å
总 Rg	42.51 Å
原子数	7720
残基数	1003
排除体积	136540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3qcw__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3qcw__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurexin-1-alpha
分子量 formula_weight	137474.6 kDa
突变 mutation	N190Q, SEE REMARK 999
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15440

LEFPGAEGQWTRFPKWNACCESEMSFQLKTRSARGLVLYFDDEGFCDFLELILTRGGRLQLSFSIFCAEPATLLTDTPVNDGAWHNVRIRRQFRNTTLFIDQVEAKWVEVKSKRRDMTVFSGLFVGGLPPELRAAALKLTLASVREREPFKGWIRDVRVQSSLALPVDSGEVKLDDEPPNSGGGSPCEAGEEGEGGVCLNGGVCSVVDDQAVCDCSRTGFRGKDCSQGKEEYIATFKGSEYFCYDLSQNPIQSSSDEITLSFKTLQRNGLMLHTGKSADYVNLALKNGAVSLVINLGSGAFEALVEPVNGKFNDNAWHDVKVTRNLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEVVYKNNDVRLELSRLAKQGDPKMKIHGVVAFKCENVATLDPITFETPESFISLPKWNAKKTGSISFDFRTTEPNGLILFSHGKPRHQKDAKHPQMIKVDFFAIEMLDGHLYLLLDMGSGTIKIKALQKKVNDGEWYHVDFQRDGRSGTISVNTLRTPYTAPGESEILDLDDELYLGGLPENKAGLVFPTEVWTALLNYGYVGCIRDLFIDGQSKDIRQMAEVQSTAGVKPSCSRETAKPCLSNPCKNNGMCRDGWNRYVCDCSGTGYLGRSCEREATVLSYDGSMFMKIQLPVVMHTEAEDVSLRFRSQRAYGILMATTSRDSADTLRLELDAGRVKLTVNLGKGPETLFAGYNLNDNEWHTVRVVRRGKSLKLTVDDQQAMTGQMAGDHTRLEFHNIETGIITERRYLSSVPSNFIGHLQSLTFNGMAYIDLCKNGDIDYCELNARFGFRNIIADPVTFKTKSSYVALATLQAYTSMHLFFQFKTTSLDGLILYNSGDGNDFIVVELVKGYLHYVFDLGNGANLIKGSSNKPLNDNQWHNVMISRDTSNLHTVKIDTKITTQITAGARNLDLKSDLYIGGVAKETYKSLPKLVHAKEGFQGCLASVDLNGRLPDLISDALFCNGQIERGCEGPSTTCQEDSCSNQGVCLQQWDGFSCDCSMTSFSGPLCNDPGTTYIFSKGGGQITYKWPPNDRPSTRADRLAIGFSTVQKEAVLVRVDSSSGLGDYLELHIHQGKIGVKFNVGTDDIAIEESNAIINDGKYHVVRFTRSGGNATLQVDSWPVIERYPAGRQLTIFNSQATIIIGGKEQGQPFQGQLSGLYYNGLKVLNMAAENDANIAIVGNVRLVGEVPSASTSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	3qcwA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	3qcwA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwA06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	3qcwA07
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	3qcwB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwB05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3qcwB06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	3qcwB07
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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晶胞边长 a length_a	60.953 Å
晶胞边长 b length_b	114.543 Å
晶胞边长 c length_c	159.581 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.61 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.18 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2093
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2296

Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), no splice inserts

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurexin-1-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qcw__assembly_2__model_1

3qcw__assembly_2__model_1 | I(q)

3qcw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), no splice inserts

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurexin-1-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qcw__assembly_2__model_1

3qcw__assembly_2__model_1 | I(q)

3qcw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)