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RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite Difluorotoluene Nucleoside

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

Enterobacteria phage RB69

UniProt Q38087

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–903 突变：L561A, S565G, Y567A ;DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*(DFT)P*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*(DOC))-3') ; × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K 分辨率 2.18 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3QEI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B8H SLIDING CLAMP, DNA POLYMERASE 提交 1999-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 893–903（11 aa） 片段：RESIDUES 893-903
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1CLQ CRYSTAL STRUCTURE OF A REPLICATION FORK DNA POLYMERASE EDITING COMPLEX AT 2.7 A RESOLUTION 提交 1999-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa） 片段：RESIDUES 1-903
未记录 CA CALCIUM ION × 9 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；12% (W/V) PEG 350MME, 150 MM CACL2, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 12 DEGREES C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1IG9 Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase 提交 2001-04-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：Exonuclease-deficient (D222A/D327A) mutant CA CALCIUM ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；289 K；PEG 350 monomethyl ether, calcium chloride, sodium cacodylate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1IH7 High-Resolution Structure of Apo RB69 DNA Polymerase 提交 2001-04-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 2 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；285 K；Sodium citrate, sodium/potassium tartrate, ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.21 Å R-free 0.258
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9Y CRYSTAL STRUCTURE OF ENTEROBACTERIA PHAGE RB69 GP43 DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH 8-OXOGUANOSINE CONTAINING DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1WAF DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69 提交 1997-04-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 3.20 Å R-free 0.274
1WAF DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69 提交 1997-04-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–903（903 aa）
未记录 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 3.20 Å R-free 0.274
1WAJ DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69 提交 1997-04-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.80 Å R-free 0.280
2ATQ RB69 single-stranded DNA binding protein-DNA polymerase fusion 提交 2005-08-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 400, Tris-Cl, 6-aminocaproic acid, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 3.20 Å R-free 0.345
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A N5P 1-{2-DEOXY-5-O-[(R)-HYDROXY{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}PHOSPHORYL]-BETA-D-ERYTHRO-PENTOFURANOSYL}-5-NITRO -1H-INDOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A MG MAGNESIUM ION × 1 N5P 1-{2-DEOXY-5-O-[(R)-HYDROXY{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}PHOSPHORYL]-BETA-D-ERYTHRO-PENTOFURANOSYL}-5-NITRO -1H-INDOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OZM Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NITP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A MG MAGNESIUM ION × 1 N5P 1-{2-DEOXY-5-O-[(R)-HYDROXY{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}PHOSPHORYL]-BETA-D-ERYTHRO-PENTOFURANOSYL}-5-NITRO -1H-INDOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000,sodium acetate, magnesium acetate, beta-mercaptoethanol, TRIS 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.268
2OZS Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dATP opposite dTMP 提交 2007-02-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A MG MAGNESIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 20000, sodium acetate, magnesium acetate, beta-mercaptoethanol, TRIS 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.75 Å R-free 0.272
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
3CFO Triple Mutant APO structure 提交 2008-03-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A/S565G/Y567A SO4 SULFATE ION × 4 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.015 M MG ACETATE, 0.05M NA CACODYLATE, 1.7 M (NH4)2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.235
3CFP Structure of the replicating complex of a POL Alpha family DNA Polymerase, ternary complex 1 提交 2008-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；7% PEG350 monomethyl ether, 0.1M NA CACODYLATE, 0.14M CACL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.267
3CFR Structure of the replicating complex of a POL Alpha family DNA Polymerase, ternary complex 2 提交 2008-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A CA CALCIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；7% PEG350 monomethyl ether, 0.1M NA CACODYLATE, 0.1 M CA2CL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
3CQ8 Ternary complex of the L415F mutant RB69 exo(-)polymerase 提交 2008-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa） 片段：RB69 polymerase
突变：L415F, D222A, D327A CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；220mM CaCl2, 25% monometheyl ether PEG350, and 50mM Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.50 Å R-free 0.281
3KD1 Closed binary complex of an RB69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic GMP terminated primer template pair. 提交 2009-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 E 1–903（903 aa） 片段：RB69 gp43 exo- chimera containing elements from the fingers domain of the human cytomegalovirus DNA polymerase.
突变：D222A V478W F479V N480S I557M N558A R559L L561V I562T I563C MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；5% PEG 20000, 0.1M sodium acetate pH 5, 0.1M magnesium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.66 Å R-free 0.248
3KD5 Closed ternary complex of an RB69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic GMP terminated primer template pair and phosphonoformic acid. 提交 2009-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 E 1–903（903 aa） 片段：RB69 gp43 exo- chimera containing elements from the fingers domain of the human cytomegalovirus DNA polymerase.
突变：D222A V478W F479V N480S I557M N558A R559L L561V I562T I563C PPF PHOSPHONOFORMIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；5% PEG 20000, 0.1M sodium acetate pH5, 0.1M magnesium acetate, 0.1M Tris HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.69 Å R-free 0.263
3L8B Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin 提交 2009-12-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；297 K；reservoir: 12% PEG2000MME, 100mM Sodium Acetate, 150mM Magnesium Sulfate, 100mM Hepes pH 7.0, 6% Glycerol and 2mM Beta-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.15 Å R-free 0.255
3L8B Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin 提交 2009-12-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；297 K；reservoir: 12% PEG2000MME, 100mM Sodium Acetate, 150mM Magnesium Sulfate, 100mM Hepes pH 7.0, 6% Glycerol and 2mM Beta-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.15 Å R-free 0.255
3LDS Crystal structure of RB69 gp43 with DNA and dATP opposite 8-oxoG 提交 2010-01-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, I563S DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；297 K；3% PEG 20000, 100mM sodium acetate, 100mM manganese acetate, 100mM Tris-HCl, 1% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 3.00 Å R-free 0.295
3LZI RB69 DNA Polymerase (Y567A) ternary complex with dATP Opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine 提交 2010-03-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293.15 K；150 mM CaCl2, 11%(w/v) PEG 350 monomethyl ether MME, and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 , micro-batch vapor-diffusion, temperature 293.15K
分辨率 2.30 Å R-free 0.258
3LZJ RB69 DNA Polymerase (Y567A) ternary complex with dCTP Opposite 7,8-Dihydro-8-oxoguanine 提交 2010-03-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293.15 K；150 mM CaCl2, 14%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Na Cacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293.15K
分辨率 2.05 Å R-free 0.251
3NAE RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite Guanidinohydantoin 提交 2010-06-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；15%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 150 mM CaCl2, and 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.231
3NCI RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite dG at 1.8 angstrom resolution 提交 2010-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa） 片段：DNA polymerase
突变：D222A, D327A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；8%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME),160 mM CaCl2, and 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 1.79 Å R-free 0.201
3NDK RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dG 提交 2010-06-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 175 mM CaCl2, 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
3NE6 RB69 DNA Polymerase (S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dG 提交 2010-06-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, S565G, Y567A CA CALCIUM ION × 5 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；7% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 175 mM CaCl2, 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
3NGI RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite dG 提交 2010-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；13%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 150 mM CaCl2, 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 1.89 Å R-free 0.226
3NHG RB69 DNA Polymerase (S565G/Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite dG 提交 2010-06-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；apply 7% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 175 mM CaCl2, and 100 mM NaCacodylate (pH 6.5) to crystal Y567A/S565G: P/T:dCTP ternary complex and then soak dTTP into the crystal to replace dCTP in the ternary complex, micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.244
3QEP RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-01-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
3QER RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-01-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.217
3QES RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dGTP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.98 Å R-free 0.218
3QET RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.08 Å R-free 0.217
3QEV RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.77 Å R-free 0.210
3QEW RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dDTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.205
3QEX RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dGTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.73 Å R-free 0.206
3QNN RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dGT Opposite 3tCo 提交 2011-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15%(w/v) PEG350 monomethyl ether (MME), and 100mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.92 Å R-free 0.214
3QNO RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite 3tCo 提交 2011-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15%(w/v) PEG350 monomethyl ether (MME), and 100mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.212
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RWU RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.33 Å R-free 0.276
3S9H RB69 DNA Polymerase Triple Mutant(L561A/S565G/Y567A) ternary complex with dUpNpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of Ca2+ 提交 2011-06-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L561A,S565G,Y567A CA CALCIUM ION × 7 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.213
3SCX RB69 DNA Polymerase Triple Mutant(L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp and a Deoxy-terminated Primer in the Presence of Ca2+ 提交 2011-06-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L561A,S565G,Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 2.35 Å R-free 0.259
3SI6 RB69 DNA Polymerase Triple Mutant (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp and a Deoxy-terminated Primer in the presence of Mg2+ 提交 2011-06-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G,Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3SJJ RB69 DNA Polymerase Triple Mutant (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp and a Deoxy-terminated Primer in the presence of Mn2+ 提交 2011-06-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G,Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 2.38 Å R-free 0.265
3SNN RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dG in the presence of Mg2+ 提交 2011-06-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, soak crystals with the same buffer containing 100 mM magnesium chloride instead of calcium chloride, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
3SPY RB69 DNA Polymerase(L415A/L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpCpp Opposite dA 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：L415A, L561A, S565G, Y567A UPC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]uridine × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.14 Å R-free 0.242
3SPZ DNA Polymerase(L415A/L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpCpp Opposite dA (Ca2+) 提交 2011-07-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L415A, L561A, S565G, Y567A UPC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]uridine × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.43 Å R-free 0.257
3SQ0 DNA Polymerase(L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp Opposite dA (Mn2+) 提交 2011-07-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3SQ1 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dUpCpp Opposite dA 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：yes DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.82 Å R-free 0.213
3SQ2 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (AT rich sequence) 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–902（902 aa）
突变：yes TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3SQ4 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (GC rich sequence) 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–902（902 aa）
突变：yes TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.23 Å R-free 0.238
3SUN RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (AT rich sequence) 提交 2011-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–895（895 aa）
突变：Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.42 Å R-free 0.255
3SUO RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (GC rich sequence) 提交 2011-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–900（900 aa）
突变：Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.23 Å R-free 0.255
3SUP RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite 2AP (GC rich sequence) 提交 2011-07-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.32 Å R-free 0.261
3SUQ RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite 2AP (AT rich sequence) 提交 2011-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–897（897 aa）
突变：Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.15 Å R-free 0.300
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3UIQ RB69 DNA Polymerase Ternary Complex containing dUpNpp 提交 2011-11-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150mM CaCl2, 15% PEG 350 MME, 100mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.220
4DTJ RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite an Abasic Site and ddT/dA as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.202
4DTM RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite an Abasic Site and ddG/dC as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.220
4DTN RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite an Abasic Site and ddA/dT as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.216
4DTO RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite an Abasic Site and ddA/dT as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.225
4DTP RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dGTP Opposite an Abasic Site and ddA/dT as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.229
4DTR RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.228
4DTS RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, L565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.206
4DTU RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dGTP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.86 Å R-free 0.201
4DTX RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.206
4DU1 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite dT 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4DU3 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dDTP Opposite dT with 3-Deaza-adenine at the N-1 Position of Template Strand 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.02 Å R-free 0.227
4DU4 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite dT with 3-Deaza-adenine at the N-3 Position of Primer Strand 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.28 Å R-free 0.249
4E3S RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dQTP Opposite dT 提交 2012-03-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A QTP 3-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-erythro-pentofuranosyl}-7-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridine × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150mM CaCl2, 15% PEG350 MME, 100mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.219
4FJ5 RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.238
4FJ7 RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4FJ8 RB69 DNA polymerase ternary complex with dCTP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.19 Å R-free 0.252
4FJ9 RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.97 Å R-free 0.235
4FJG RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.02 Å R-free 0.264
4FJH RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.11 Å R-free 0.223
4FJI RB69 DNA polymerase ternary complex with dcTP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
4FJJ RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.99 Å R-free 0.225
4FJK RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4FJL RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.87 Å R-free 0.223
4FJM RB69 DNA polymerase ternary complex with dCTP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.02 Å R-free 0.232
4FJN RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.98 Å R-free 0.240
4FJX RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.11 Å R-free 0.225
4FK0 RB69 DNA polymerase ternary complex with dCTP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.18 Å R-free 0.252
4FK2 RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.98 Å R-free 0.225
4FK4 RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.222
4I9L Crystal structure of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2012-12-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, D714A GMP GUANOSINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；1.65 M AMMONIUM SULPHATE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05 M SODIUM CITRATE DIHYDROGEN, PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.249
4I9Q Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2012-12-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A D327A,Y567A,D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；10% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M sodium citrate (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.287
4I9Q Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2012-12-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A D327A,Y567A,D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；10% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M sodium citrate (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.287
4J2A RB69 DNA Polymerase L415A Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：L415A, D222A, D327A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Carcodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.211
4J2B RB69 DNA Polymerase L415G Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa） 片段：RB69 DNA polymerase
突变：L415G, D222A, D327A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Carcodylate (pH6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.220
4J2D RB69 DNA Polymerase L415K Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：L415K, D222A, D327A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.76 Å R-free 0.197
4J2E RB69 DNA Polymerase L415M Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa） 片段：RB69 DNA polymerase
突变：L415M, D222A, D327A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Carcodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.02 Å R-free 0.213
4KHN Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2013-04-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A, D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；12% PEG 8000, 0.1 M MES, 0.2 Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6
分辨率 2.55 Å R-free 0.211
4KHN Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2013-04-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A, D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；12% PEG 8000, 0.1 M MES, 0.2 Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6
分辨率 2.55 Å R-free 0.211
4KHQ Ternary complex of RB69 mutant L415F wit DUMPNPP 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F CA CALCIUM ION × 3 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；50 MM TRIS, PH 7.5, 10% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, temperature 298K
分辨率 2.19 Å R-free 0.212
4KHS Ternary complex of RB69 mutant L415F with a ribonucleotide at 0 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F CA CALCIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；50 MM TRIS-HCL, 10% PEG350, 220 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 7.5, temperature 298K
分辨率 2.12 Å R-free 0.216
4KHU Ternary complex of rb69 mutant L415F with a ribonucleotide at -1 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；50 MM TRIS-HCL, 13% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.247
4KHW Ternary complex of RB69 mutant L415F with ribonucleotide at -2 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；50 MM TRIS-HCL, 19% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE,, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.37 Å R-free 0.224
4KHY Ternary complex of rb69 mutant L415F with ribonucleotide at -3 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：YES TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；50 MM TRIS-HCL, 17.5% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.241
4KI4 Ternary complex of rb69 mutant L415F with ribonucleotides at 0 and -1 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；50 MM TRIS-HCL, 16% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.45 Å R-free 0.221
4KI6 Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotides at -1 and -2 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；50 MM TRIS-HCL, 16% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.55 Å R-free 0.233
4M3R RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-1 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.07 Å R-free 0.221
4M3T RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-2 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
4M3U RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-3 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.07 Å R-free 0.223
4M3W RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-4 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.220
4M3X RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-5 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.241
4M3Y RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-1 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.86 Å R-free 0.221
4M3Z RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-2 of primer/tempLate duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.207
4M41 RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-3 of primer/tempLate duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.237
4M42 RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-4 of primer/tempLate duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.224
4M45 RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-5 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.89 Å R-free 0.214
7F4Y Crystal structure of replisomal dimer of DNA polymerase from bacteriophage RB69 with DNA duplexes 提交 2021-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 1–903（903 aa）
链 B 1–903（903 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；sodium acetate, isopropanol, magnesium chloride, sodium chloride, spermine tetrahydrochloride
分辨率 2.20 Å R-free 0.245

共 120 个其他 PDB 条目、166 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOL_BPR69
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–903； UniProt 1–903

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3qei

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3qei
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qei
沉积日期 deposition_date2011-01-20
结构标题 titleRB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite Difluorotoluene Nucleoside
关键词 keywordsDifluorotoluene Nucleoside, dCTP, Triple mutant, Transferase-DNA complex; Transferase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.86 Å
零角强度 I(0) i0222193000.00
分子量 molecular_weight114500.0 kDa
排除体积 excluded_volume141250 ų
包络体积 envelope_volume181650 ų
水化壳体积 shell_volume47173 ų
包络直径 envelope_diameter108.6 Å
壳层 Rg shell_rg39.46 Å
包络 Rg envelope_rg30.81 Å
形状 Rg shape_rg30.87 Å
总 Rg total_rg31.54 Å
总原子数 total_atoms8026
残基数 n_residues932
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.1 Å
Rg (实空间) rg_real31.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal222200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8904
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary101.1 Å
偏度 Skewness skewness0.096
峰度 Kurtosis kurtosis-0.503
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35710000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3qeiA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1
结构域编号 domain_id3qeiA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id3qeiA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — B family DNA polymerase, palm domain
结构域编号 domain_id3qeiA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily690 — B family DNA polymerase, finger domain
结构域编号 domain_id3qeiA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 —
结构域编号 domain_id3qeiA06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1820 — Ribonuclease H-like motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)