SAXSdb — 3qem

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

Xenopus laevis

UniProt Q91977

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 × 1 （Q00960） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SODIUM ION × 1 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 × 1 （Q00960） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SODIUM ION × 1 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91977_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–383； UniProt 23–405 作者链 C； PDB构建体 1–383； UniProt 23–405

Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2

Rattus norvegicus

UniProt Q00960

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	NMDA glutamate receptor subunit × 1 （Q91977） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SODIUM ION × 1 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NMDA glutamate receptor subunit × 1 （Q91977） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SODIUM ION × 1 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE2_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394 作者链 D； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qem
沉积日期 deposition_date	2011-01-20
结构标题 title	Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981
关键词 keywords	;ion channel, NMDA receptor, allosteric modulation, phenylethanolamine, N-Glycosylation, extracellular, transmembrane, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3qem__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3qem__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3qem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.45 Å
Rg（电子密度）	27.41 Å
总 Rg	28.16 Å
原子数	5312
残基数	711
排除体积	94511 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3qem__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3qem__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NMDA glutamate receptor subunit
分子量 formula_weight	42932.1 kDa
突变 mutation	N61Q, N371Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10273

DPKIVNIGAVLSTKKHEQIFREAVNQANKRHFTRKIQLQATSVTHRPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPAPTDHLTPTPISYTAGFYRIPVIGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQALVWFEMMRLFNWNHVILIVSDDHEGRAAQKKLETLLEGKESKSKKRNYENLDQLSYDNKRGPKADKVLQFEPGTKNLTALLLEAKELEARVIILSASEDDATAVYKSAAMLDMTGAGYVWLVGEREISGSALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVAVVAQAIHELFEMENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYPDGVTGRIEFNEDGDRKFAQYSIMNLQNRKLVQVGIFNGSYIIQNDRKIIWPGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2
分子量 formula_weight	41367.9 kDa
突变 mutation	N348D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SPPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRDLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol
分子量 formula_weight	339.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3qemA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3qemA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3qemB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3qemB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3qemC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3qemC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3qemD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3qemD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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晶胞边长 a length_a	268.029 Å
晶胞边长 b length_b	61.255 Å
晶胞边长 c length_c	144.423 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.003 Å
最低分辨率 resolution_low	29.941 Å
R 因子 r_factor	0.1945
R_work r_work	0.1915
R_free r_free	0.2501

Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qem__assembly_1__model_1

3qem__assembly_1__model_1 | I(q)

3qem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qem__assembly_1__model_1

3qem__assembly_1__model_1 | I(q)

3qem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)