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3qgj

1.3A Structure of alpha-Lytic Protease Bound to Ac-AlaAlaPro-Alanal

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-lytic protease

物种未注明

UniProt P00778

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Ac-AlaAlaPro-Alanal peptide × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 SULFATE ION × 4 trifluoroacetic acid × 3 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Ac-AlaAlaPro-Alanal peptide × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 SULFATE ION × 3 trifluoroacetic acid × 1 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 Ac-AlaAlaPro-Alanal peptide × 4 1,2-ETHANEDIOL × 10 SULFATE ION × 14 trifluoroacetic acid × 8 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1boq 1gba 1gbe 1gbj 1p01 1p09 1qq4 1qrw 1qrx 1ssx 1tal 2alp

共 23 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
3pro 3pro 4pro 4pro

共 4 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
2pro

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
1gbb 1gbc 1gbd 1gbf 1gbh 1gbi 1gbk 1gbl 1gbm 1p02 1p03 1p04

共 29 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRLA_LYSEN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–198； UniProt 200–397 作者链 C； PDB构建体 1–198； UniProt 200–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qgj
沉积日期 deposition_date2011-01-24
结构标题 title1.3A Structure of alpha-Lytic Protease Bound to Ac-AlaAlaPro-Alanal
关键词 keywords;serine protease, hydrolase domain, alpha/beta hydrolase, serine proteinase, Hydrolysis, Extracellular, peptide inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3qgj__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3qgj__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3qgj__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）16.26 Å
Rg（电子密度）15.07 Å
总 Rg16.16 Å
原子数1463
残基数201
排除体积25199 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3qgj__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3qgj__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3qgj__assembly_3__model_1 octameric （8） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3qgja_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.1 — Prokaryotic proteases
结构域编号 domain_idd3qgjc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.1 — Prokaryotic proteases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3qgjA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3qgjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3qgjC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3qgjC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
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7. 引用文献 (1)