SAXSdb — 3qik

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 607–706	片段：UNP Residues 607-706	UNX UNKNOWN LIGAND × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；1.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 6.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate. Soaked for 6 hours in 0.01 M potassium hexaiodoplatin-(IV)-ate and mother liquor, pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3QIK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4YON P-Rex1:Rac1 complex 提交 2015-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–404（404 aa）片段：UNP residues 1-404	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 sodium MES, pH 6.5, 0.2M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.183
5D27 Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain 提交 2015-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Magnesium chloride, PEG 3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.232
5D3V Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Citrate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；Sodium citrate, PEG 8000	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
5D3V Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Citrate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；Sodium citrate, PEG 8000	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
5D3W Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Sulfate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Ammonium sulfate, PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
5D3W Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Sulfate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Ammonium sulfate, PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
5D3X Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；HEPES, Jeffamine ED-2001 pH 7	分辨率 1.69 Å R-free 0.214
5D3X Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；HEPES, Jeffamine ED-2001 pH 7	分辨率 1.69 Å R-free 0.214
5D3Y Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；Bis Tris, polypropylene glycol P400	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
5D3Y Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；Bis Tris, polypropylene glycol P400	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–201（164 aa）链 A 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 38–201（164 aa）链 C 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 38–201（164 aa）链 E 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 38–201（164 aa）链 G 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI1 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Cdc42 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–201（164 aa）链 A 202–408（207 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；Ammonium citrate, PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.198
6VSK Crystal structure of the P-Rex1 DEP1 domain 提交 2020-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 409–499（91 aa）片段：P-Rex1DEP1 domain (UNP residues 409-499)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 45% w/v poly(acrylic acid sodium salt)2100	分辨率 3.12 Å R-free 0.233
7RX9 Structure of autoinhibited P-Rex1 提交 2021-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–305（265 aa）链 A 323–502（180 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.05 MES pH 6.0	分辨率 3.22 Å R-free 0.262
7SYF Reconstruction of full-length Prex-1 (PtdIns(3,4,5)P3-dependent Rac Exchanger 1) 提交 2021-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–305（265 aa）链 A 323–1117（795 aa）链 A 1212–1659（448 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8TUA Full-length P-Rex1 in complex with inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate (IP4) 提交 2023-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–1659（1625 aa）	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PREX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–101； UniProt 607–706

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qik
沉积日期 deposition_date	2011-01-27
结构标题 title	Crystal structure of the first PDZ domain of PREX1
关键词 keywords	pdz domain, structural genomics consortium, SGC, HYDROLASE REGULATOR; HYDROLASE REGULATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
分子量 formula_weight	11519.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	814

GKNKQLRNDFKLVENILAKRLLILPQEEDYGFDIEEKNKAVVVKSVQRGSLAEVAGLQVGRKIYSINEDLVFLRPFSEVESILNQSFCSRRPLRLLVATKA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3qikA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.135 Å
晶胞边长 b length_b	78.135 Å
晶胞边长 c length_c	54.691 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.285 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2440
R_work r_work	0.2424
R_free r_free	0.2691

Crystal structure of the first PDZ domain of PREX1