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3qnl

Crystal structure of PrTX-I complexed to Rosmarinic Acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipase A2 homolog 1

物种未注明

UniProt P58399

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–121 链 B； UniProt 1–121 未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8 ROA (2R)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)-2-{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}propanoic acid × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG 4000, sodium citrate pH 5.6, 20% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 1.77 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3QNL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2OK9 PrTX-I-BPB 提交 2007-01-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–121（121 aa）
链 B 1–121（121 aa）
未记录 PBP p-Bromophenacyl bromide × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；23% PEG 4000, 20% 2-propanol, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.34 Å R-free 0.252
2Q2J Crystal structure of PrTX-I, a PLA2 homolog from Bothrops pirajai 提交 2007-05-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–121（121 aa）
链 B 1–121（121 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.1M Tris HCl, 30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.258
4YU7 Crystal structure of Piratoxin I (PrTX-I) complexed to caffeic acid 提交 2015-03-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–121（121 aa）
链 B 1–121（121 aa）
未记录 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 3 DHC CAFFEIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；291 K；PEG4000, Tris HCl pH 8.1, lithium sulfate.
分辨率 1.65 Å R-free 0.229
4YZ7 Crystal structure of Piratoxin I (PrTX-I) complexed to aristolochic acid 提交 2015-03-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–121（121 aa）
链 B 1–121（121 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 9AR 9-HYDROXY ARISTOLOCHIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；291 K；PEG 4000, Tris HCl pH 8.1 and lithium sulfate
分辨率 1.96 Å R-free 0.235
8DND Crystal structure of Bothrops pirajai Piratoxin-I (PrTX-I) and synthetic inhibitor Varespladib (LY315920) 提交 2022-07-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–121（121 aa）
链 B 1–121（121 aa）
未记录 VRD ({3-[amino(oxo)acetyl]-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-4-yl}oxy)acetic acid × 3 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5 and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 2.02 Å R-free 0.217
9Z5Y Crystal structure of Bothrops pirajai myotoxin I PrTX-I complexed with inhibitor AZD2716 提交 2025-11-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–121（121 aa）
链 B 1–121（121 aa）
未记录 A1C06 (2R)-3-[(1M)-5'-benzyl-2'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl]-2-methylpropanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Tris HCl, Lithium Sulfate
分辨率 2.75 Å R-free 0.269

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PA21B_BOTPI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–111； UniProt 1–121 作者链 B； PDB构建体 1–111； UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3qnl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3qnl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qnl
沉积日期 deposition_date2011-02-08
结构标题 titleCrystal structure of PrTX-I complexed to Rosmarinic Acid
关键词 keywordsHydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.44 Å
零角强度 I(0) i014798700.00
分子量 molecular_weight28264.0 kDa
排除体积 excluded_volume35134 ų
包络体积 envelope_volume41066 ų
水化壳体积 shell_volume18712 ų
包络直径 envelope_diameter66.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.57 Å
包络 Rg envelope_rg18.51 Å
形状 Rg shape_rg18.43 Å
总 Rg total_rg19.36 Å
总原子数 total_atoms1960
残基数 n_residues242
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8023
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.4 Å
偏度 Skewness skewness0.138
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4489000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3qnla_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamilya.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family familya.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2
结构域编号 domain_idd3qnlb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamilya.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family familya.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3qnlA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phospholipase A2 domain
结构域编号 domain_id3qnlB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phospholipase A2 domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)