3qvt

L-myo-inositol 1-phosphate synthase from Archaeoglobus fulgidus wild-type with the intermediate 5-keto 1-phospho glucose

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

Archaeoglobus fulgidus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PHOSPHATE ION × 8 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 [(3S,4R,5S)-3,4,5,6,6-pentahydroxy-2-oxo-hexyl] dihydrogen phosphate × 4 GLYCEROL × 4 SODIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O28480_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3qvt
沉积日期 deposition_date	2011-02-25
结构标题 title	L-myo-inositol 1-phosphate synthase from Archaeoglobus fulgidus wild-type with the intermediate 5-keto 1-phospho glucose
关键词 keywords	L-myo-inositol 1-phosphate synthase, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3qvt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3qvt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3qvt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.59 Å
Rg（电子密度）	35.56 Å
总 Rg	36.15 Å
原子数	12630
残基数	1568
排除体积	226580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3qvt__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)
分子量 formula_weight	43767.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.5.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3492

MKVWLVGAYGIVSTTAMVGARAIERGIAPKIGLVSELPHFEGIEKYAPFSFEFGGHEIRLLSNAYEAAKEHWELNRHFDREILEAVKSDLEGIVARKGTALNCGSGIKELGDIKTLEGEGLSLAEMVSRIEEDIKSFADDETVVINVASTEPLPNYSEEYHGSLEGFERMIDEDRKEYASASMLYAYAALKLGLPYANFTPSPGSAIPALKELAEKKGVPHAGNDGKTGETLVKTTLAPMFAYRNMEVVGWMSYNILGDYDGKVLSARDNKESKVLSKDKVLEKMLGYSPYSITEIQYFPSLVDNKTAFDFVHFKGFLGKLMKFYFIWDAIDAIVAAPLILDIARFLLFAKKKGVKGVVKEMAFFFKSPMDTNVINTHEQFVVLKEWYSNLK

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	[(3S,4R,5S)-3,4,5,6,6-pentahydroxy-2-oxo-hexyl] dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	276.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	219

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3qvta1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3qvta2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family family	d.81.1.3 — Dihydrodipicolinate reductase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3qvtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3qvtA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

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晶胞边长 a length_a	82.780 Å
晶胞边长 b length_b	89.590 Å
晶胞边长 c length_c	105.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	68.200 Å
R 因子 r_factor	0.1997
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2484

L-myo-inositol 1-phosphate synthase from Archaeoglobus fulgidus wild-type with the intermediate 5-keto 1-phospho glucose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qvt__assembly_1__model_1

3qvt__assembly_1__model_1 | I(q)

3qvt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

L-myo-inositol 1-phosphate synthase from Archaeoglobus fulgidus wild-type with the intermediate 5-keto 1-phospho glucose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myo-inositol-1-phosphate synthase (Ino1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3qvt__assembly_1__model_1

3qvt__assembly_1__model_1 | I(q)

3qvt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)