3r0l

Crystal structure of crotoxin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Crotoxin chain A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Phospholipase A2 CB × 1 （P62022） CHLORIDE ION × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 2 ACETATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA2A_CRODU
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–39； UniProt 38–76 作者链 B； PDB构建体 1–35； UniProt 84–118 作者链 C； PDB构建体 1–14； UniProt 125–138

Phospholipase A2 CB

物种未注明

UniProt P62022

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Crotoxin chain A × 1 （P08878） Crotoxin chain B × 1 （P08878） Crotoxin chain C × 1 （P08878） CHLORIDE ION × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 2 ACETATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA2B_CRODU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3r0l
沉积日期 deposition_date	2011-03-08
结构标题 title	Crystal structure of crotoxin
关键词 keywords	;crotoxin, presynaptic neurotoxin, snake venom, phospholipase A2, heterodimer interface, hydrolase, lipid degradation, metal-binding, TOXIN-HYDROLASE complex ;; TOXIN/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3r0l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3r0l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3r0l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.00 Å
Rg（电子密度）	15.92 Å
总 Rg	16.97 Å
原子数	1490
残基数	193
排除体积	26137 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3r0l__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Crotoxin chain A
分子量 formula_weight	4159.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1810

SSYGCYCGAGGQGWPQDASDRCCFEHDCCYAKLTGCDPT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Crotoxin chain B
分子量 formula_weight	3753.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QEDGEIVCGEDDPCGTQICECDKAAAICFRNSMDT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Crotoxin chain C
分子量 formula_weight	1536.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QFSPENCQGESQPC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Phospholipase A2 CB
分子量 formula_weight	14188.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

HLLQFNKMIKFETRKNAVPFYAFYGCYCGWGGQGRPKDATDRCCFVHDCCYGKLAKCNTKWDIYRYSLKSGYITCGKGTWCEEQICECDRVAAECLRRSLSTYKNGYMFYPDSRCRGPSETC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	265

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3r0ld_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3r0lD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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晶胞边长 a length_a	34.664 Å
晶胞边长 b length_b	65.309 Å
晶胞边长 c length_c	37.429 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	36.330 Å
R 因子 r_factor	0.1660
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.1890

Crystal structure of crotoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Crotoxin chain A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phospholipase A2 CB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3r0l__assembly_1__model_1

3r0l__assembly_1__model_1 | I(q)

3r0l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of crotoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Crotoxin chain A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phospholipase A2 CB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3r0l__assembly_1__model_1

3r0l__assembly_1__model_1 | I(q)

3r0l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)