3r1b

Open crystal structure of cytochrome P450 2B4 covalently bound to the mechanism-based inactivator tert-butylphenylacetylene

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450 2B4

Oryctolagus cuniculus

UniProt P00178

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde × 1 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 与蛋白数一致
2 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde × 1 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 与蛋白数一致
3 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde × 1 与蛋白数一致
4 其他组合 单体 蛋白 1 其他聚合物 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde × 1 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 与蛋白数一致
5 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 其他聚合物 2 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde × 2 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 与蛋白数一致
6 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 其他聚合物 2 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 (4-tert-butylphenyl)acetaldehyde × 2 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CP2B4_RABIT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–472; UniProt 1–491 作者链 B; PDB构建体 1–472; UniProt 1–491 作者链 C; PDB构建体 1–472; UniProt 1–491 作者链 D; PDB构建体 1–472; UniProt 1–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3r1b
沉积日期 deposition_date2011-03-09
结构标题 titleOpen crystal structure of cytochrome P450 2B4 covalently bound to the mechanism-based inactivator tert-butylphenylacetylene
关键词 keywordscytochrome P450 2B4, monooxygenase, membrane protein, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3r1b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3r1b__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3r1b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.60 Å
Rg(电子密度)23.26 Å
总 Rg24.12 Å
原子数3720
残基数465
排除体积66322 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3r1b__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3r1b__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3r1b__assembly_3__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3r1b__assembly_4__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 3r1b__assembly_5__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 3r1b__assembly_6__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd3r1ba1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd3r1ba2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3r1bb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd3r1bb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3r1bc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd3r1bc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3r1bd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3r1bA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id3r1bB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id3r1bC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id3r1bD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
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7. 引用文献 (8)