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3r2d

Crystal Structure of Antitermination Factors NusB and NusE in complex with dsRNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N utilization substance protein B

Aquifex aeolicus

UniProt O66530

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 2 RNA 2 30S ribosomal protein S10 × 1 （O66430） 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3' × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 4 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 2 RNA 2 30S ribosomal protein S10 × 1 （O66430） 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3' × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2jr0

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3r2c 3r2c 3r2d 3r2d 4eya

共 5 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUSB_AQUAE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–149； UniProt 1–148 作者链 B； PDB构建体 2–149； UniProt 1–148

30S ribosomal protein S10

Aquifex aeolicus

UniProt O66430

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 2 RNA 2 N utilization substance protein B × 1 （O66530） 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3' × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 4 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 2 RNA 2 N utilization substance protein B × 1 （O66530） 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3' × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3r2c 3r2c 3r2d 3r2d

共 4 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS10_AQUAE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 2–47； UniProt 1–46 作者链 J； PDB构建体 49–84； UniProt 69–104 作者链 K； PDB构建体 2–47； UniProt 1–46 作者链 K； PDB构建体 49–84； UniProt 69–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3r2d
沉积日期 deposition_date2011-03-14
结构标题 titleCrystal Structure of Antitermination Factors NusB and NusE in complex with dsRNA
关键词 keywords;cross species NusB-NusE-RNA interaction, transcription elongation, gene regulation, protein-RNA interaction, TRANSCRIPTION-RNA complex ;; TRANSCRIPTION/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3r2d__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3r2d__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3r2d__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）20.70 Å
Rg（电子密度）19.50 Å
总 Rg20.52 Å
原子数2211
残基数237
排除体积38520 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3r2d__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3r2d__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3r2dA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology940 — N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — NusB-like
结构域编号 domain_id3r2dB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology940 — N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — NusB-like
结构域编号 domain_id3r2dJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Ribosomal protein S10
结构域编号 domain_id3r2dK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Ribosomal protein S10
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7. 引用文献 (1)