3raf

Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit A

Streptococcus pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	DNA topoisomerase 4 subunit B × 2 （Q59961） 5'-D(CPAPTPGPAPAPT)-3' × 1 5'-D(PAPGPTPCPAPTPTPCPAPTPG)-3' × 1 5'-D(CPGPTPGPCPAPT)-3' × 1 5'-D(PGPAPCPTPAPTPGPCPAPCPG)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-amino-7-{(3R)-3-[(1S)-1-aminoethyl]pyrrolidin-1-yl}-1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methylquinazoline-2,4(1H,3H)-dione × 2 water × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARC_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–488； UniProt 1–488 作者链 B； PDB构建体 1–488； UniProt 1–488

DNA topoisomerase 4 subunit B

Streptococcus pneumoniae

UniProt Q59961

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	DNA topoisomerase 4 subunit A × 2 （P72525） 5'-D(CPAPTPGPAPAPT)-3' × 1 5'-D(PAPGPTPCPAPTPTPCPAPTPG)-3' × 1 5'-D(CPGPTPGPCPAPT)-3' × 1 5'-D(PGPAPCPTPAPTPGPCPAPCPG)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-amino-7-{(3R)-3-[(1S)-1-aminoethyl]pyrrolidin-1-yl}-1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methylquinazoline-2,4(1H,3H)-dione × 2 water × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARE_STRPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 25–268； UniProt 404–647 作者链 D； PDB构建体 25–268； UniProt 404–647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3raf
沉积日期 deposition_date	2011-03-28
结构标题 title	Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae
关键词 keywords	PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX, Topoisomerase IIa, Quinazolinedione PD 0305970, ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex; ISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3raf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3raf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3raf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.46 Å
Rg（电子密度）	36.53 Å
总 Rg	36.90 Å
原子数	11237
残基数	1418
排除体积	196430 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3raf__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 4 subunit A
分子量 formula_weight	56455.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11277

MSNIQNMSLEDIMGERFGRYSKYIIQDRALPDIRDGLKPVQRRILYSMNKDSNTFDKSYRKSAKSVGNIMGNFHPHGDSSIYDAMVRMSQNWKNREILVEMHGNNGSMDGDPPAAMRYTEARLSEIAGYLLQDIEKKTVPFAWNFDDTEKEPTVLPAAFPNLLVNGSTGISAGYATDIPPHNLAEVIDAAVYMIDHPTAKIDKLMEFLPGPDFPTGAIIQGRDEIKKAYETGKGRVVVRSKTEIEKLKGGKEQIVITEIPYEINKANLVKKIDDVRVNNKVAGIAEVRDESDRDGLRIAIELKKDANTELVLNYLFKYTDLQINYNFNMVAIDNFTPRQVGIVPILSSYIAHRREVILARSRFDKEKAEKRLHIVEGLIRVISILDEVIALIRASENKADAKENLKVSYDFTEEQAEAIVTLQLYRLTNTDVVVLQEEEAELREKIAMLAAIIGDERTMYNLMKKELREVKKKFATPRLSSLEDTAKALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 4 subunit B
分子量 formula_weight	30415.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MGHHHHHHHHHHSSGHIDDDDKHMKNKKDKGLLSGKLTPAQSKNPAKNELYLVEGDSAGGSAKQGRDRKFQAILPLRGKVINTAKAKMADILKNEEINTMIYTIGAGVGADFSIEDANYDKIIIMTDADTDGAHIQTLLLTFFYRYMRPLVEAGHVYIALPPLYKMSKGKGKKEEVAYAWTDGELEELRKQFGKGATLQRYKGLGEMNADQLWETTMNPETRTLIRVTIEDLARAERRVNVLMGDKVEPRRKWIEDNVKFTLEEATVF

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(CPAPTPGPAPAP*T)-3'
分子量 formula_weight	2121.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CATGAAT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(PAPGPTPCPAPTPTPCPAPTP*G)-3'
分子量 formula_weight	3348.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGTCATTCATG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	5'-D(CPGPTPGPCPAP*T)-3'
分子量 formula_weight	2113.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CGTGCAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	5'-D(PGPAPCPTPAPTPGPCPAPCP*G)-3'
分子量 formula_weight	3358.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GACTATGCACG

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	3-amino-7-{(3R)-3-[(1S)-1-aminoethyl]pyrrolidin-1-yl}-1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methylquinazoline-2,4(1H,3H)-dione
分子量 formula_weight	361.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3rafC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	3rafD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

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晶胞边长 a length_a	158.550 Å
晶胞边长 b length_b	158.550 Å
晶胞边长 c length_c	210.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.240 Å
最低分辨率 resolution_low	114.977 Å
R 因子 r_factor	0.1681
R_work r_work	0.1668
R_free r_free	0.2064

Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA topoisomerase 4 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3raf__assembly_1__model_1

3raf__assembly_1__model_1 | I(q)

3raf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA topoisomerase 4 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3raf__assembly_1__model_1

3raf__assembly_1__model_1 | I(q)

3raf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)