3rbc

Bullfrog M ferritin with iron(III) bound to the ferroxidase site

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin, middle subunit

Rana catesbeiana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	FE (III) ION × 50 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRI2_RANCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 C； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 D； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 E； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 F； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 G； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 H； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 I； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 J； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 K； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 L； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 M； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 N； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 O； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 P； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 Q； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 R； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 S； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 T； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 U； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 V； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 W； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 X； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rbc
沉积日期 deposition_date	2011-03-29
结构标题 title	Bullfrog M ferritin with iron(III) bound to the ferroxidase site
关键词 keywords	four-helix bundle, ferroxidase, iron storage, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rbc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rbc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.93 Å
Rg（电子密度）	53.12 Å
总 Rg	53.53 Å
原子数	33995
残基数	4148
排除体积	599320 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rbc__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ferritin, middle subunit
分子量 formula_weight	20623.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X
原子数 atom_count	35540

MVSQVRQNYHSDCEAAVNRMLNLELYASYTYSSMYAFFDRDDVALHNVAEFFKEHSHEEREHAEKFMKYQNKRGGRVVLQDIKKPERDEWGNTLEAMQAALQLEKTVNQALLDLHKLATDKVDPHLCDFLESEYLEEQVKDIKRIGDFITNLKRLGLPENGMGEYLFDKHSVKESS

来源 Source

来源生物 organism	Rana catesbeiana
通用名 common_name	bullfrogs
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	50

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1545

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d3rbca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbce_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbch_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbci_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbck_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcm_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcn_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbco_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcp_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcq_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcr_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcs_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbct_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcu_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcv_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcw_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d3rbcx_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3rbcA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcU00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcV00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcW00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	3rbcX00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

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晶胞边长 a length_a	210.719 Å
晶胞边长 b length_b	210.719 Å
晶胞边长 c length_c	324.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	144

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	61.130 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1729
R_free r_free	0.2346

Bullfrog M ferritin with iron(III) bound to the ferroxidase site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin, middle subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rbc__assembly_1__model_1

3rbc__assembly_1__model_1 | I(q)

3rbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Bullfrog M ferritin with iron(III) bound to the ferroxidase site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin, middle subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rbc__assembly_1__model_1

3rbc__assembly_1__model_1 | I(q)

3rbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)