SAXSdb — 3rc0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-lysine methyltransferase SETD6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcription factor p65 peptide × 1 （Q04206） 1,2-ETHANEDIOL × 10 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcription factor p65 peptide × 1 （Q04206） 1,2-ETHANEDIOL × 6 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SETD6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–449； UniProt 1–449 作者链 B； PDB构建体 1–449； UniProt 1–449

Transcription factor p65 peptide

物种未注明

UniProt Q04206

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	N-lysine methyltransferase SETD6 × 1 （Q8TBK2） 1,2-ETHANEDIOL × 10 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	N-lysine methyltransferase SETD6 × 1 （Q8TBK2） 1,2-ETHANEDIOL × 6 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF65_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–15； UniProt 302–316 作者链 Q； PDB构建体 1–15； UniProt 302–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rc0
沉积日期 deposition_date	2011-03-30
结构标题 title	Human SETD6 in complex with RelA Lys310 peptide
关键词 keywords	Epigenetics, protein lysine monomethylation, Mammalian nuclear factor kB (NF-kB), TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rc0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rc0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rc0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.91 Å
Rg（电子密度）	24.03 Å
总 Rg	24.91 Å
原子数	3389
残基数	426
排除体积	60607 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rc0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3rc0__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N-lysine methyltransferase SETD6
分子量 formula_weight	50837.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7181

MATQAKRPRVAGPVDGGDLDPVACFLSWCRRVGLELSPKVAVSRQGTVAGYGMVARESVQAGELLFVVPRAALLSQHTCSIGGLLERERVALQSQSGWVPLLLALLHELQAPASRWRPYFALWPELGRLEHPMFWPEEERRCLLQGTGVPEAVEKDLANIRSEYQSIVLPFMEAHPDLFSLRVRSLELYHQLVALVMAYSFQEPLEEEEDEKEPNSPVMVPAADILNHLANHNANLEYSANCLRMVATQPIPKGHEIFNTYGQMANWQLIHMYGFVEPYPDNTDDTADIQMVTVREAALQGTKTEAERHLVYERWDFLCKLEMVGEEGAFVIGREEVLTEEELTTTLKVLCMPAEEFRELKDQDGGGDDKREEGSLTITNIPKLKASWRQLLQNSVLLTLQTYATDLKTDQGLLSNKEVYAKLSWREQQALQVRYGQKMILHQLLELTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription factor p65 peptide
分子量 formula_weight	1909.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

RKRTYETFKSIMKKS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	485

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3rc0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1410 — set domain protein methyltransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — set domain protein methyltransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	3rc0A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1420 — set domain protein methyltransferase, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rubisco LSMT, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	3rc0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1410 — set domain protein methyltransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — set domain protein methyltransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	3rc0B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1420 — set domain protein methyltransferase, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rubisco LSMT, substrate-binding domain

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晶胞边长 a length_a	61.621 Å
晶胞边长 b length_b	64.501 Å
晶胞边长 c length_c	73.759 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	78.73 °
晶胞夹角 β angle_beta	70.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	64.21 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	34.720 Å
R 因子 r_factor	0.1688
R_work r_work	0.1661
R_free r_free	0.2343

Human SETD6 in complex with RelA Lys310 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-lysine methyltransferase SETD6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription factor p65 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rc0__assembly_1__model_1

3rc0__assembly_1__model_1 | I(q)

3rc0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Human SETD6 in complex with RelA Lys310 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-lysine methyltransferase SETD6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription factor p65 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rc0__assembly_1__model_1

3rc0__assembly_1__model_1 | I(q)

3rc0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)