3rey

Thermostabilised adenosine A2A receptor in complex with XAC

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenosine receptor A2a

Homo sapiens

UniProt P29274

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–317 片段:residues 1-317 突变:A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A XAC N-(2-aminoethyl)-2-[4-(2,6-dioxo-1,3-dipropyl-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purin-8-yl)phenoxy]acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.2;277 K;32-42% PEG1000, 0.25M MGCL2, 0.3% NG, 0.1%(W/V) 1-BUTANOL, 0.05% CYMAL-6, 0.1M TRIS-HCL(PH 8.1), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 3.31 Å R-free 0.319

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 185 个其他 PDB 条目、189 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AA2AR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–317; UniProt 1–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rey

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rey
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rey
沉积日期 deposition_date2011-04-05
结构标题 titleThermostabilised adenosine A2A receptor in complex with XAC
关键词 keywords7TM, GPCR, SIGNALING PROTEIN, G-PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.32
零角强度 I(0) i015579100.00
分子量 molecular_weight32414.0 kDa
排除体积 excluded_volume41727 ų
包络体积 envelope_volume48670 ų
水化壳体积 shell_volume19909 ų
包络直径 envelope_diameter87.9
壳层 Rg shell_rg27.22
包络 Rg envelope_rg21.91
形状 Rg shape_rg21.28
总 Rg total_rg22.31
总原子数 total_atoms2281
残基数 n_residues291
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.3
Rg (实空间) rg_real22.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79
I(0) (实空间) i0_real1.5580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15580000.0000
解质量估计 total_estimate0.7412
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0
偏度 Skewness skewness0.506
峰度 Kurtosis kurtosis-0.120
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2389000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.617; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.781; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3reyA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)