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3rfj

Design of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor

synthetic

UniProt D2P9A6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 36–100 未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；25.5% polyethylene glycol 4000, 15%(w/v) glycerol, 0.17M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.78 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3RFJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3RFS Design of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering 提交 2011-04-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–100（65 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.242
3RFS Design of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering 提交 2011-04-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–100（65 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.242

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D2P9A6_LISM2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–65； UniProt 36–100

Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor

synthetic

UniProt Q6E4K6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 130–189 未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；25.5% polyethylene glycol 4000, 15%(w/v) glycerol, 0.17M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.78 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6E4K6_PETMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 214–273； UniProt 130–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rfj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rfj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rfj
沉积日期 deposition_date2011-04-06
结构标题 titleDesign of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering
关键词 keywordsLRR, protein binding, plasma; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.84 Å
零角强度 I(0) i015600200.00
分子量 molecular_weight30045.0 kDa
排除体积 excluded_volume37777 ų
包络体积 envelope_volume44596 ų
水化壳体积 shell_volume18518 ų
包络直径 envelope_diameter84.0 Å
壳层 Rg shell_rg27.21 Å
包络 Rg envelope_rg22.23 Å
形状 Rg shape_rg21.78 Å
总 Rg total_rg22.80 Å
总原子数 total_atoms2115
残基数 n_residues268
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.4 Å
Rg (实空间) rg_real22.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8216
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.4 Å
偏度 Skewness skewness0.607
峰度 Kurtosis kurtosis-0.007
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2048000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3rfjA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)