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3rfs

Design of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B

synthetic

UniProt D2P9A6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 36–100 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.242
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 36–100 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3RFS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3RFJ Design of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering 提交 2011-04-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–100（65 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；25.5% polyethylene glycol 4000, 15%(w/v) glycerol, 0.17M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.78 Å R-free 0.260

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D2P9A6_LISM2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–65； UniProt 36–100 作者链 B； PDB构建体 1–65； UniProt 36–100

Internalin B, repeat modules, Variable lymphocyte receptor B

synthetic

UniProt Q4G1L3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 146–232 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.242
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 146–232 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3RFS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2O6S Structural diversity of the hagfish Variable Lymphocyte Receptors B59 提交 2006-12-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–231（208 aa） 片段：Leucine-rich repeat (LRR), residues 24-231
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；33% PEG 1000, 0.1M Bis-Tris, 0.2M Sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 1.50 Å R-free 0.214
2O6S Structural diversity of the hagfish Variable Lymphocyte Receptors B59 提交 2006-12-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–231（208 aa） 片段：Leucine-rich repeat (LRR), residues 24-231
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；33% PEG 1000, 0.1M Bis-Tris, 0.2M Sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 1.50 Å R-free 0.214
3A79 Crystal structure of TLR2-TLR6-Pam2CSK4 complex 提交 2009-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 157–232（76 aa） 片段：extracellular domain, UNP residues 1-482(mouse), UNP residues 157-232(Inshore hagfish)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PXS (2S)-propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.280
4J4L Modular evolution and design of the protein binding interface 提交 2013-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 141–232（92 aa） 片段：UNP RESIDUES 43-100,UNP RESIDUES 141-232
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；0.1M magnesium formate, 15-18% w/v polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.268
4J4L Modular evolution and design of the protein binding interface 提交 2013-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 141–232（92 aa） 片段：UNP RESIDUES 43-100,UNP RESIDUES 141-232
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；0.1M magnesium formate, 15-18% w/v polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.268
4UIP The complex structure of extracellular domain of EGFR with Repebody (rAC1). 提交 2015-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 141–232（92 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.95 Å R-free 0.297

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q4G1L3_EPTBU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 180–266； UniProt 146–232 作者链 B； PDB构建体 180–266； UniProt 146–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rfs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rfs
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rfs
沉积日期 deposition_date2011-04-06
结构标题 titleDesign of a binding scaffold based on variable lymphocyte receptors of jawless vertebrates by module engineering
关键词 keywordsLRR, protein binding, plasma; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.13 Å
零角强度 I(0) i053196400.00
分子量 molecular_weight58493.0 kDa
排除体积 excluded_volume73869 ų
包络体积 envelope_volume88824 ų
水化壳体积 shell_volume27960 ų
包络直径 envelope_diameter108.7 Å
壳层 Rg shell_rg33.37 Å
包络 Rg envelope_rg28.16 Å
形状 Rg shape_rg28.07 Å
总 Rg total_rg28.82 Å
总原子数 total_atoms4122
残基数 n_residues526
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.2 Å
Rg (实空间) rg_real29.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53190000.0000
解质量估计 total_estimate0.8050
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.8 Å
偏度 Skewness skewness0.607
峰度 Kurtosis kurtosis0.011
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11500000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.622; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.651; Smooth: 0.945
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3rfsA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id3rfsB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)