3rgs

Structural and kinetic analysis of the beef liver catalase with the ammonia as a ligand

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–502 链 B； UniProt 4–502 链 C； UniProt 4–502 链 D； UniProt 4–502	片段：unp residues 4-502	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NH3 AMMONIA × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；45-60mM Mg Formate mixed with 12-13 mg/ml protein containing 1-5 wt% of NH4OH, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.99 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RGS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TGU The crystal structure of bovine liver catalase without NADPH 提交 2004-05-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–506（506 aa）链 B 1–506（506 aa）链 C 1–506（506 aa）链 D 1–506（506 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；273 K；Tris Hcl buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
1TH2 crystal structure of NADPH depleted bovine liver catalase complexed with azide 提交 2004-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–506（506 aa）链 B 1–506（506 aa）链 C 1–506（506 aa）链 D 1–506（506 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 AZI AZIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
1TH3 Crystal structure of NADPH depleted bovine live catalase complexed with cyanide 提交 2004-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–506（506 aa）链 B 1–506（506 aa）链 C 1–506（506 aa）链 D 1–506（506 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
1TH4 crystal structure of NADPH depleted bovine liver catalase complexed with 3-amino-1,2,4-triazole 提交 2004-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–506（506 aa）链 B 1–506（506 aa）链 C 1–506（506 aa）链 D 1–506（506 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 3TR 3-AMINO-1,2,4-TRIAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.98 Å R-free 0.292
3J7B Catalase solved at 3.2 Angstrom resolution by MicroED 提交 2014-06-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 6.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å R-free 0.308
3NWL The crystal structure of the P212121 form of bovine liver catalase previously characterized by electron microscopy 提交 2010-07-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation；pH 6.8；273 K；0.05 M sodium phosphate pH 6.8, 12% PEG 4000, sitting drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation, temperature 273K	分辨率 2.69 Å R-free 0.241
3RE8 Structural and Kinetic Analysis of the Beef liver Catalase interacting with Nitric Oxide 提交 2011-04-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502 链 B 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502 链 C 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502 链 D 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；45-60 mM Mg formate,12-13mg/ml protein containing 1-5 wt% of NH4OH (30% in water) soaking these crystals overnight in an 80 mM Mg-Formate solution, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277 K	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
3RGP Structural and Kinetic Analysis of the Beef liver Catalase complexed with Nitric Oxide 提交 2011-04-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502 链 B 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502 链 C 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502 链 D 4–502（499 aa）片段：unp residues 4-502	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NO NITRIC OXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；1. 45-60mM Mg Formate mixed with 12-13 mg/ml protein containing 1-5 wt% of NH4OH. 2. Crystals then soaked overnight in 80 mM Mg-Formate solution, pH 6.7, 3. Finally soaked in 80 mM Mg formate and 150 mM bis-tris & 10-100mM DEANO, pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.88 Å R-free 0.214
4BLC THE STRUCTURE OF ORTHORHOMBIC CRYSTALS OF BEEF LIVER CATALASE 提交 1998-09-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–506（506 aa）链 B 1–506（506 aa）链 C 1–506（506 aa）链 D 1–506（506 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；VAPOR DIFFUSION AGAINST 10% N-PROPANOL, AND 0.1 M NA-PO4 BUFFER PH 6.2 TO 6.8 DROP SET UP 15 UL OF 40 MG/ML PROTEIN PLUS 5 UL 1% NACL PLUS 5 UL RESERVOIR., pH 6.5, vapor diffusion	分辨率 2.30 Å R-free 0.273
5GKN Catalase structure determined by electron crystallography of thin 3D crystals 提交 2016-07-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 5.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE X-ray结晶条件 pH 5.3	分辨率 3.20 Å R-free 0.304
6JNT Catalase structure determined by eEFD (dataset 1) 提交 2019-03-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 5.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
6JNU Catalase structure determined by eEFD (dataset 2) 提交 2019-03-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 5.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å R-free 0.251
6PM7 The structure of the triclinic crystal form of beef liver catalase at 1.85 A resolution 提交 2019-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）	突变：N213D, N226D 突变：N213D, N226D	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Vapor diffusion with 10 ul drops and 0.6 ml reservoirs. Reservoirs were 6% PEG 3350 buffered with 0.1 M MES at pH 6.5. Drops were equal amounts of 35 mg/ml protein in H2O and reservoir solution. Growth time about two weeks.	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
6PO0 The structure of the orthorhombic (P212121) crystal form of beef liver catalase at 1.85 A resolution 提交 2019-07-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	突变：N213D, N226D 突变：N213D, N226D 突变：N213D, N226D 突变：N213D, N226D	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Crystals grown from 20 mM magnesium formate in 0.1 M Mes pH 6.5 reservoirs with drops equal amounts of 40 mg/ml catalase in water and the reservoir solution. Generally 2 to 6 days at room temperature.	分辨率 1.75 Å R-free 0.207
7CAT The NADPH binding site on beef liver catalase 提交 1984-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：4-MERIC	链 A 1–506（506 aa）链 B 1–506（506 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
7DI8 Electron crystallographic structure of Catalase using a direct electron detector at 300 kV 提交 2020-11-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 5.3 X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.3	分辨率 3.20 Å R-free 0.348
8CAT The NADPH binding site on beef liver catalase 提交 1984-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–506（506 aa）链 B 1–506（506 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
9BDJ MicroED structure of bovine liver catalase with missing cone eliminated by suspended drop 提交 2024-04-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–527（527 aa）链 B 1–527（527 aa）链 C 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 6.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å R-free 0.358

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–499； UniProt 4–502 作者链 B； PDB构建体 1–499； UniProt 4–502 作者链 C； PDB构建体 1–499； UniProt 4–502 作者链 D； PDB构建体 1–499； UniProt 4–502

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rgs
沉积日期 deposition_date	2011-04-08
结构标题 title	Structural and kinetic analysis of the beef liver catalase with the ammonia as a ligand
关键词 keywords	Heme Protein, oxidoreducatase, NH3 Binding, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.70 Å
零角强度 I(0) i0	808268000.00
分子量 molecular_weight	229650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	285480 Å³
包络体积 envelope_volume	332900 Å³
水化壳体积 shell_volume	72011 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.7 Å
壳层 Rg shell_rg	45.90 Å
包络 Rg envelope_rg	35.76 Å
形状 Rg shape_rg	35.69 Å
总 Rg total_rg	36.25 Å
总原子数 total_atoms	16244
残基数 n_residues	1996
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	808400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8979
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.132
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	298500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catalase
分子量 formula_weight	56877.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	18518

NRDPASDQMKHWKEQRAAQKPDVLTTGGGNPVGDKLNSLTVGPRGPLLVQDVVFTDEMAHFDRERIPERVVHAKGAGAFGYFEVTHDITRYSKAKVFEHIGKRTPIAVRFSTVAGESGSADTVRDPRGFAVKFYTEDGNWDLVGNNTPIFFIRDALLFPSFIHSQKRNPQTHLKDPDMVWDFWSLRPESLHQVSFLFSDRGIPDGHRHMNGYGSHTFKLVNANGEAVYCKFHYKTDQGIKNLSVEDAARLAHEDPDYGLRDLFNAIATGNYPSWTLYIQVMTFSEAEIFPFNPFDLTKVWPHGDYPLIPVGKLVLNRNPVNYFAEVEQLAFDPSNMPPGIEPSPDKMLQGRLFAYPDTHRHRLGPNYLQIPVNCPYRARVANYQRDGPMCMMDNQGGAPNYYPNSFSAPEHQPSALEHRTHFSGDVQRFNSANDDNVTQVRTFYLKVLNEEQRKRLCENIAGHLKDAQLFIQKKAVKNFSDVHPEYGSRIQALLDKYNE

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	AMMONIA
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2266

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3rgsa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d3rgsb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d3rgsc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d3rgsd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3rgsA01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	91 — Cytochrome C Oxidase; Chain J
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3rgsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	3rgsA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3rgsB01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	91 — Cytochrome C Oxidase; Chain J
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3rgsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	3rgsB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3rgsC01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	91 — Cytochrome C Oxidase; Chain J
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3rgsC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	3rgsC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3rgsD01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	91 — Cytochrome C Oxidase; Chain J
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3rgsD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	3rgsD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.480 Å
晶胞边长 b length_b	140.720 Å
晶胞边长 c length_c	229.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	57.380 Å
R 因子 r_factor	0.1610
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.1980

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pddf	/app/data/pr_computation/rg/3rgs/3rgs.pr.out
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