3rnz

Crystal structure of Bacillus Amyloliquefaciens Pyroglutamyl Peptidase I

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyrrolidone-carboxylate peptidase

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P46107

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PCP_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215 作者链 B; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215 作者链 C; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215 作者链 D; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rnz
沉积日期 deposition_date2011-04-24
结构标题 titleCrystal structure of Bacillus Amyloliquefaciens Pyroglutamyl Peptidase I
关键词 keywordsHydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rnz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rnz__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rnz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.37 Å
Rg(电子密度)29.25 Å
总 Rg29.97 Å
原子数6337
残基数828
排除体积112960 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3rnz__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3rnza_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family familyc.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
结构域编号 domain_idd3rnzb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family familyc.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
结构域编号 domain_idd3rnzc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family familyc.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
结构域编号 domain_idd3rnzd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family familyc.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3rnzA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like
结构域编号 domain_id3rnzB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like
结构域编号 domain_id3rnzC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like
结构域编号 domain_id3rnzD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like

7. 引用文献 (1)