SAXSdb — 3ro0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyrrolidone-carboxylate peptidase

Bacillus amyloliquefaciens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–215 链 B； UniProt 1–215 链 C； UniProt 1–215 链 D； UniProt 1–215	突变：M58I, A202V	TPT 2,2':6',2''-TERPYRIDINE PLATINUM(II) Chloride × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；298 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RO0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AUG CRYSTAL STRUCTURE OF THE PYROGLUTAMYL PEPTIDASE I FROM BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS 提交 1997-08-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–215（215 aa）链 B 1–215（215 aa）链 C 1–215（215 aa）链 D 1–215（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
3RNZ Crystal structure of Bacillus Amyloliquefaciens Pyroglutamyl Peptidase I 提交 2011-04-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–215（215 aa）链 B 1–215（215 aa）链 C 1–215（215 aa）链 D 1–215（215 aa）	突变：M58I, A202V 突变：M58I, A202V 突变：M58I, A202V 突变：M58I, A202V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；298 K；1.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.01 Å R-free 0.209

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCP_BACAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 B； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 C； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215 作者链 D； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ro0
沉积日期 deposition_date	2011-04-25
结构标题 title	Crystal structure of Bacillus amyloliquefaciens pyroglutamyl peptidase I and terpyridine platinum(II)
关键词 keywords	HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.27 Å
零角强度 I(0) i0	136301000.00
分子量 molecular_weight	92136.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114880 Å³
包络体积 envelope_volume	139350 Å³
水化壳体积 shell_volume	39192 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.12 Å
包络 Rg envelope_rg	28.73 Å
形状 Rg shape_rg	29.28 Å
总 Rg total_rg	29.94 Å
总原子数 total_atoms	6440
残基数 n_residues	829
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9082
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.579
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.951

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pyrrolidone-carboxylate peptidase
分子量 formula_weight	24376.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.3
突变 mutation	M58I, A202V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7398

MEKKVLLTGFDPFGGETVNPSWEAVKRLNGAAEGPASIVSEQVPTVFYKSLAVLREAMKKHQPDIIICVGQAGGRMQITPERVAINLNEARIPDNEGNQPVGEDISQGGPAAYWTGLPIKRIVEEIKKEGIPAAVSYTAGTFVCNHLFYGLMDEISRHHPHIRGGFIHIPYIPEQTLQKSAPSLSLDHITKALKIAAVTAAAHEDDIETGGGELHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;2,2':6',2''-TERPYRIDINE PLATINUM(II) Chloride ;
分子量 formula_weight	463.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	958

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3ro0a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family family	c.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)

结构域编号 domain_id	d3ro0b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family family	c.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)

结构域编号 domain_id	d3ro0c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family family	c.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)

结构域编号 domain_id	d3ro0d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.4 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)
家族 Family family	c.56.4.1 — Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ro0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like

结构域编号 domain_id	3ro0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like

结构域编号 domain_id	3ro0C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like

结构域编号 domain_id	3ro0D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	290.320 Å
晶胞边长 b length_b	45.520 Å
晶胞边长 c length_c	67.990 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	0.2050

fit	/app/data/saxs_computation/ro/3ro0/3ro0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ro/3ro0/3ro0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ro/3ro0/3ro0.dat

Crystal structure of Bacillus amyloliquefaciens pyroglutamyl peptidase I and terpyridine platinum(II)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyrrolidone-carboxylate peptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction