3rty

Structure of an Enclosed Dimer Formed by The Drosophila Period Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Period circadian protein

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 8 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 7 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 6 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 7 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PER_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574 作者链 B； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574 作者链 C； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574 作者链 D； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574 作者链 E； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574 作者链 F； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574 作者链 G； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574 作者链 H； PDB构建体 1–339； UniProt 236–574

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rty
沉积日期 deposition_date	2011-05-04
结构标题 title	Structure of an Enclosed Dimer Formed by The Drosophila Period Protein
关键词 keywords	PAS domain, signalling, Timeless, CIRCADIAN CLOCK PROTEIN; CIRCADIAN CLOCK PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rty__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rty__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rty__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.31 Å
Rg（电子密度）	29.01 Å
总 Rg	29.99 Å
原子数	4901
残基数	609
排除体积	87833 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rty__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3rty__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3rty__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3rty__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Period circadian protein
分子量 formula_weight	38186.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	19848

KEDSFCCVISMHDGIVLYTTPSITDVLGYPRDMWLGRSFIDFVHLKDRATFASQITTGIPIAESRGSVPKDAKSTFCVMLRRYRGLKSGGFGVIGRPVSYEPFRLGLTFREAPEEARPDNYMVSNGTNMLLVICATPIKSSYKVPDEILSQKSPKFAIRHTATGIISHVDSAAVSALGYLPQDLIGRSIMDFYHHEDLSVMKETYETVMKKGQTAGASFCSKPYRFLIQNGCYVLLETEWTSFVNPWSRKLEFVVGHHRVFQGPKQCNVFEAAPTCKLKISEEAQSRNTRIKEDIVKRLAETVSRPSETVKQEVSRRCQALASFMETLMDEVSRADLKL

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE
分子量 formula_weight	154.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	233

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3rtyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	3rtyH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

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晶胞边长 a length_a	60.414 Å
晶胞边长 b length_b	94.697 Å
晶胞边长 c length_c	141.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	88.19 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.87 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	20.010 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2890

Structure of an Enclosed Dimer Formed by The Drosophila Period Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Period circadian protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rty__assembly_3__model_1

3rty__assembly_3__model_1 | I(q)

3rty__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of an Enclosed Dimer Formed by The Drosophila Period Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Period circadian protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rty__assembly_3__model_1

3rty__assembly_3__model_1 | I(q)

3rty__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)