SAXSdb — 3rv9

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	3-{[(1Z)-1-carboxybut-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	3-{[(1Z)-1-carboxybut-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	3-{[(1Z)-1-carboxybut-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	3-{[(1Z)-1-carboxybut-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MBTI_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–450； UniProt 2–450 作者链 B； PDB构建体 2–450； UniProt 2–450 作者链 C； PDB构建体 2–450； UniProt 2–450 作者链 D； PDB构建体 2–450； UniProt 2–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rv9
沉积日期 deposition_date	2011-05-06
结构标题 title	Structure of a M. tuberculosis Salicylate Synthase, MbtI, in Complex with an Inhibitor with Ethyl R-Group
关键词 keywords	Structural Genomics, TB Structural Genomics Consortium, TBSGC, chorismate binding, ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex; ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rv9__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rv9__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rv9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.12 Å
Rg（电子密度）	20.83 Å
总 Rg	21.72 Å
原子数	3145
残基数	413
排除体积	55636 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rv9__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3rv9__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3rv9__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3rv9__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
分子量 formula_weight	48779.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.-, 5.4.4.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13135

VSELSVATGAVSTASSSIPMPAGVNPADLAAELAAVVTESVDEDYLLYECDGQWVLAAGVQAMVELDSDELRVIRDGVTRRQQWSGRPGAALGEAVDRLLLETDQAFGWVAFEFGVHRYGLQQRLAPHTPLARVFSPRTRIMVSEKEIRLFDAGIRHREAIDRLLATGVREVPQSRSVDVSDDPSGFRRRVAVAVDEIAAGRYHKVILSRCVEVPFAIDFPLTYRLGRRHNTPVRSFLLQLGGIRALGYSPELVTAVRADGVVITEPLAGTRALGRGPAIDRLARDDLESNSKEIVEHAISVRSSLEEITDIAEPGSAAVIDFMTVRERGSVQHLGSTIRARLDPSSDRMAALEALFPAVTASGIPKAAGVEAIFRLDECPRGLYSGAVVMLSADGGLDAALTLRAAYQVGGRTWLRAGAGIIEESEPEREFEETCEKLSTLTPYLVARQ

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3-{[(1Z)-1-carboxybut-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid
分子量 formula_weight	252.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	375

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3rv9a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.161 — ADC synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.161.1 — ADC synthase
家族 Family family	d.161.1.1 — ADC synthase

结构域编号 domain_id	d3rv9b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.161 — ADC synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.161.1 — ADC synthase
家族 Family family	d.161.1.1 — ADC synthase

结构域编号 domain_id	d3rv9c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.161 — ADC synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.161.1 — ADC synthase
家族 Family family	d.161.1.1 — ADC synthase

结构域编号 domain_id	d3rv9d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.161 — ADC synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.161.1 — ADC synthase
家族 Family family	d.161.1.1 — ADC synthase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3rv9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Anthranilate synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthranilate synthase

结构域编号 domain_id	3rv9B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Anthranilate synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthranilate synthase

结构域编号 domain_id	3rv9C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Anthranilate synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthranilate synthase

结构域编号 domain_id	3rv9D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Anthranilate synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthranilate synthase

▶

晶胞边长 a length_a	87.266 Å
晶胞边长 b length_b	115.475 Å
晶胞边长 c length_c	95.468 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	19.840 Å
R 因子 r_factor	0.2078
R_work r_work	0.2067
R_free r_free	0.2293

Structure of a M. tuberculosis Salicylate Synthase, MbtI, in Complex with an Inhibitor with Ethyl R-Group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rv9__assembly_3__model_1

3rv9__assembly_3__model_1 | I(q)

3rv9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a M. tuberculosis Salicylate Synthase, MbtI, in Complex with an Inhibitor with Ethyl R-Group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rv9__assembly_3__model_1

3rv9__assembly_3__model_1 | I(q)

3rv9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)