3rvd

Crystal structure of the binary complex, obtained by soaking, of photosyntetic a4 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (gapdh) with cp12-2, both from arabidopsis thaliana.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Photosyntetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (a4 isoform) × 2 （Q9LZP9） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SULFATE ION × 15 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Photosyntetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (a4 isoform) × 2 （Q9LZP9） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SULFATE ION × 7 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Photosyntetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (a4 isoform) × 2 （Q9LZP9） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SULFATE ION × 12 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G3PA_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 B； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 C； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 D； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 E； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 F； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 G； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 H； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 O； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396 作者链 Q； PDB构建体 2–337； UniProt 61–396

Photosyntetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (a4 isoform)

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9LZP9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic × 4 （P25856） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SULFATE ION × 15 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic × 4 （P25856） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SULFATE ION × 7 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic × 4 （P25856） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 SULFATE ION × 12 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9LZP9_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 5–82； UniProt 54–131 作者链 J； PDB构建体 5–82； UniProt 54–131 作者链 K； PDB构建体 5–82； UniProt 54–131 作者链 L； PDB构建体 5–82； UniProt 54–131 作者链 M； PDB构建体 5–82； UniProt 54–131 作者链 N； PDB构建体 5–82； UniProt 54–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rvd
沉积日期 deposition_date	2011-05-06
结构标题 title	Crystal structure of the binary complex, obtained by soaking, of photosyntetic a4 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (gapdh) with cp12-2, both from arabidopsis thaliana.
关键词 keywords	Rossmann fold, Calvin cycle, binary complex, chloroplast, OXIDOREDUCTASE-PROTEIN BINDING complex; OXIDOREDUCTASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rvd__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rvd__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rvd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.20 Å
Rg（电子密度）	31.61 Å
总 Rg	32.26 Å
原子数	10750
残基数	1385
排除体积	191030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rvd__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3rvd__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3rvd__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
分子量 formula_weight	36391.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,O,Q
原子数 atom_count	27674

AKLKVAINGFGRIGRNFLRCWHGRKDSPLDIIAINDTGGVKQASHLLKYDSTLGIFDADVKPSGETAISVDGKIIQVVSNRNPSLLPWKELGIDIVIEGTGVFVDREGAGKHIEAGAKKVIITAPGKGDIPTYVVGVNADAYSHDEPIISNASCTTNCLAPFVKVLDQKFGIIKGTMTTTHSYTGDQRLLDASHRDLRRARAAALNIVPTSTGAAKAVALVLPNLKGKLNGIALRVPTPNVSVVDLVVQVSKKTFAEEVNAAFRDSAEKELKGILDVCDEPLVSVDFRCSDFSTTIDSSLTMVMGDDMVKVIAWYDNEWGYSQRVVDLADIVANNWK

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress,thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosyntetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (a4 isoform)
分子量 formula_weight	8754.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N

GSHMAAPEGGISDVVEKSIKEAQETCAGDPVSGECVAAWDEVEELSAAASHARDKKKADGSDPLEEYCKDNPETNECRTYDN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress,thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	556

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3rvdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdO02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3rvdQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3rvdQ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

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晶胞边长 a length_a	153.183 Å
晶胞边长 b length_b	188.750 Å
晶胞边长 c length_c	312.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	94.610 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.3180

Crystal structure of the binary complex, obtained by soaking, of photosyntetic a4 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (gapdh) with cp12-2, both from arabidopsis thaliana.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Photosyntetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (a4 isoform)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rvd__assembly_2__model_1

3rvd__assembly_2__model_1 | I(q)

3rvd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the binary complex, obtained by soaking, of photosyntetic a4 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (gapdh) with cp12-2, both from arabidopsis thaliana.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosyntetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (a4 isoform)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rvd__assembly_2__model_1

3rvd__assembly_2__model_1 | I(q)

3rvd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (2)