3rwe

rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-FW9

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major histocompatibility complex class I

Macaca mulatta

UniProt Q9GJ77

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–299 片段:residues 24-297 Beta-2-microglobulin × 1 (Q6V7J5) Pol FW9 peptide from Pol protein × 1 (Q5QGH9) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9GJ77_MACMU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–276; UniProt 24–299

Beta-2-microglobulin

Macaca mulatta

UniProt Q6V7J5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 Major histocompatibility complex class I × 1 (Q9GJ77) Pol FW9 peptide from Pol protein × 1 (Q5QGH9) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MACMU
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

Pol FW9 peptide from Pol protein

物种未注明

UniProt Q5QGH9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 435–443 未记录 Major histocompatibility complex class I × 1 (Q9GJ77) Beta-2-microglobulin × 1 (Q6V7J5) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5QGH9_SIVCZ
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 435–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rwe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rwe
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rwe
沉积日期 deposition_date2011-05-09
结构标题 titlerhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-FW9
关键词 keywordsantigenic peptides, T lymphocytes, immune response, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.03
零角强度 I(0) i037277000.00
分子量 molecular_weight45083.0 kDa
排除体积 excluded_volume55462 ų
包络体积 envelope_volume67827 ų
水化壳体积 shell_volume24665 ų
包络直径 envelope_diameter79.1
壳层 Rg shell_rg29.84
包络 Rg envelope_rg23.09
形状 Rg shape_rg23.00
总 Rg total_rg23.90
总原子数 total_atoms3187
残基数 n_residues384
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.7
Rg (实空间) rg_real24.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real3.7280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37280000.0000
解质量估计 total_estimate0.9113
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.249
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10420000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3rweA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id3rweA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3rweB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)