SAXSdb — 3rwg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major histocompatibility complex class I

Macaca mulatta

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Beta-2-microglobulin × 1 （Q6V7J5） Nef MW9 peptide from Protein Nef × 1 （Q5QGG3） 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1 SODIUM ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9GJ77_MACMU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 24–299

Beta-2-microglobulin

Macaca mulatta

UniProt Q6V7J5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Major histocompatibility complex class I × 1 （Q9GJ77） Nef MW9 peptide from Protein Nef × 1 （Q5QGG3） 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1 SODIUM ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MACMU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

Nef MW9 peptide from Protein Nef

物种未注明

UniProt Q5QGG3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Major histocompatibility complex class I × 1 （Q9GJ77） Beta-2-microglobulin × 1 （Q6V7J5） 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1 SODIUM ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5QGG3_SIVCZ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–9； UniProt 195–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rwg
沉积日期 deposition_date	2011-05-09
结构标题 title	Rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-MW9
关键词 keywords	antigenic peptides, T lymphocytes, immune response, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rwg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rwg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rwg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.07 Å
Rg（电子密度）	22.89 Å
总 Rg	23.75 Å
原子数	3213
残基数	385
排除体积	56006 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rwg__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major histocompatibility complex class I
分子量 formula_weight	32025.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3598

GSHSMKYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDSDAESPREEPRAPWVEQEGPEYWEEATRRAKEAAQTHRENLRTALRYYNQSEAGSHTIQKMYGCDLGPDGRLLRGYHQSAYDGKDYIALNGDLRSWTAADMAAQNTQRKWEGNRYAERFRAYLEGECLEWLRRYLENGKETLQRADPPKTHVTHHPVSDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEEQTQDTEFVETRPGGDGTFQKWGAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	rhesus macaque
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11791.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIQRTPKIQVYSRHPPENGKPNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGEKMGKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPNEKDEYACRVNHVTLSGPRTVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	rhesus macaque
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nef MW9 peptide from Protein Nef
分子量 formula_weight	1086.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHPAQTSQW

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL
分子量 formula_weight	458.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	373

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3rwgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3rwgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3rwgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	68.018 Å
晶胞边长 b length_b	44.419 Å
晶胞边长 c length_c	79.517 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1927
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2367

Rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-MW9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major histocompatibility complex class I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nef MW9 peptide from Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rwg__assembly_1__model_1

3rwg__assembly_1__model_1 | I(q)

3rwg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Rhesus macaque MHC class I molecule Mamu-B*17-MW9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major histocompatibility complex class I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nef MW9 peptide from Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rwg__assembly_1__model_1

3rwg__assembly_1__model_1 | I(q)

3rwg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)