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3ry4

1.5 Angstrom resolution structure of glycosylated fcgammariia (low-responder polymorphism)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a

Homo sapiens

UniProt P12318

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 37–206 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, residues 37-206 突变：S88P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；30% (W/V) PEG 4000, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.60, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291.0K 分辨率 1.50 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3RY4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FCG ECTODOMAIN OF HUMAN FC GAMMA RECEPTOR, FCGRIIA 提交 1999-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–207（174 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAINS
突变：S88F, R134H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH EQUAL VOLUMES OF FC(GAMMA)RIIA AT 6 MG/ML AND MOTHER LIQUOR (0.2 M AMMONIUM ACETATE, 30% W/V PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6) MIXED IN 3 MICRO L DROPLETS AND ALLOWED TO EQUILIBRATE AT 22 C FOR 3-9 DAYS.
分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1H9V Human Fc-gamma-Receptor IIa (FcgRIIa), monoclinic 提交 2001-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 37–208（172 aa） 片段：IMMUNOGLOBULIN G BINDING DOMAIN RESIDUE 5-177
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.2M NAOAC PH 4.6, 26% PEG 8000
分辨率 3.00 Å
3D5O Structural recognition and functional activation of FcrR by innate pentraxins 提交 2008-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 37–207（171 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2.0 M NH4SO4, 5% iso-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3RY5 Three-dimensional structure of glycosylated fcgammariia (high-responder polymorphism) 提交 2011-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 37–206（170 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, residues 114-327
突变：H134R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；30% (W/V) PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, PH 7.50, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.275
3RY6 Complex of fcgammariia (CD32) and the FC of human IGG1 提交 2011-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 40–206（167 aa） 片段：UNP residues 40-206
未记录 GOL GLYCEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；20% (W/V) PEG 3350, 5MM TRIS, 0.15M NACL, 2MM MOPS, 0.2M TRI-POTASSIUM ACETATE, PH 7.40, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291.0K
分辨率 3.80 Å R-free 0.426
8CHA Fc gamma RIIa 27W/131H variant ectodomain 提交 2023-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–209（209 aa）
突变：Q27W FLC CITRATE ANION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 16P 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 1 FWN 2-[2-(2-ethoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293.15 K；0.1M sodium phosphate citrate, pH4.2, 41% (v/v) PEG 300
分辨率 1.81 Å R-free 0.225
9MCX CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX H131 VARIANT 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 37–209（173 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；25% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.38 Å R-free 0.234
9N5P CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG2 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX H131 VARIANT 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 37–209（173 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 2000 MME
分辨率 2.01 Å R-free 0.232

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCG2A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–170； UniProt 37–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ry4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ry4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ry4
沉积日期 deposition_date2011-05-11
结构标题 title1.5 Angstrom resolution structure of glycosylated fcgammariia (low-responder polymorphism)
关键词 keywords;FC RECEPTOR, CD32, IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY, LOW RESPONDER POLYMORPHISM, CELL MEMBRANE, GLYCOPROTEIN, IGG-BINDING PROTEIN, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, MEMBRANE, PHOSPHOPROTEIN, RECEPTOR, TRANSMEMBRANE, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.03 Å
零角强度 I(0) i07122900.00
分子量 molecular_weight19460.0 kDa
排除体积 excluded_volume24249 ų
包络体积 envelope_volume28249 ų
水化壳体积 shell_volume13896 ų
包络直径 envelope_diameter62.5 Å
壳层 Rg shell_rg22.95 Å
包络 Rg envelope_rg18.29 Å
形状 Rg shape_rg18.02 Å
总 Rg total_rg18.85 Å
总原子数 total_atoms1374
残基数 n_residues170
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2 Å
Rg (实空间) rg_real18.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real7.1230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5470e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7123000.0000
解质量估计 total_estimate0.8922
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.1 Å
偏度 Skewness skewness0.304
峰度 Kurtosis kurtosis-0.510
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1801000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3ry4a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd3ry4a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ry4A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3ry4A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)