SAXSdb — 3rzl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(APTPGPTPAPTPCPAPCPTPGPCPG)-3' × 1 5'-D(TPCPGPCPAPGPTPIPAPTPAPCPA)-3' × 1 propane-1-thiol × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(APTPGPTPAPTPCPAPCPTPGPCPG)-3' × 1 5'-D(TPCPGPCPAPGPTPIPAPTPAPCPA)-3' × 1 propane-1-thiol × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALKB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–208； UniProt 56–261 作者链 D； PDB构建体 3–208； UniProt 56–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rzl
沉积日期 deposition_date	2011-05-11
结构标题 title	Duplex Interrogation by a Direct DNA Repair Protein in the Search of Damage
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, JELLY-ROLL, DEMETHYLASE, NUCLEUS, OXIDOREDUCTASE-DNA complex; OXIDOREDUCTASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3rzl__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3rzl__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3rzl__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.45 Å
Rg（电子密度）	18.28 Å
总 Rg	19.25 Å
原子数	2129
残基数	225
排除体积	36199 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3rzl__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3rzl__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2
分子量 formula_weight	23721.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.-
突变 mutation	C67S, C165S, G169C, C192S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	4288

SHSWRHIRAEGLDSSYTVLFGKAEADEIFQELEKEVEYFTGALARVQVFGKWHSVPRKQATYGDAGLTYTFSGLTLSPKPWIPVLERIRDHVSGVTGQTFNFVLINRYKDGSDHICEHRDDERELAPGSPIASVSFGASRDFVFRHKDSRGKSPSRRVAVVRLPLAHGSLLMMNHPTNTHWYHSLPVRKKVLAPRVNLTFRKILLTKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APTPGPTPAPTPCPAPCPTPGPCP*G)-3'
分子量 formula_weight	3966.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

ATGTATCACTGCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(TPCPGPCPAPGPTPIPAPTPAPCP*A)-3'
分子量 formula_weight	3960.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

TCGCAGTIATACA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	propane-1-thiol
分子量 formula_weight	76.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3rzlA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like

结构域编号 domain_id	3rzlD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like

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晶胞边长 a length_a	55.934 Å
晶胞边长 b length_b	65.006 Å
晶胞边长 c length_c	167.896 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2241
R_work r_work	0.2208
R_free r_free	0.2894

Duplex Interrogation by a Direct DNA Repair Protein in the Search of Damage

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rzl__assembly_2__model_1

3rzl__assembly_2__model_1 | I(q)

3rzl__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Duplex Interrogation by a Direct DNA Repair Protein in the Search of Damage

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3rzl__assembly_2__model_1

3rzl__assembly_2__model_1 | I(q)

3rzl__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)