SAXSdb — 3s8w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon alpha/beta receptor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 131–232	片段：UNP Residues 131-232 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；293 K；31% (w/v) PEG 4000, 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 5% (v/v) MPD, 10 mM Na acetate, 1.5% (w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 131–232	片段：UNP Residues 131-232 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；293 K；31% (w/v) PEG 4000, 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 5% (v/v) MPD, 10 mM Na acetate, 1.5% (w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 131–232	片段：UNP Residues 131-232 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；293 K；31% (w/v) PEG 4000, 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris pH 8.5, 5% (v/v) MPD, 10 mM Na acetate, 1.5% (w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3S8W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N6U NMR structure of the interferon-binding ectodomain of the human interferon receptor 提交 2002-11-12	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–237（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris；压力 ambient NMR测量条件 pH 8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris；压力 ambient NMR测量条件 pH 8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM IFNAR2-EC U-15N; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3; \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.35mM IFNAR2-EC U-15N,13C; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3; \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.35mM IFNAR2-EC U-15N,13C; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3; \| 99% D2O	分辨率未提供
1N6V Average structure of the interferon-binding ectodomain of the human type I interferon receptor 提交 2002-11-12	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–237（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris buffer；压力 ambient NMR测量条件 pH 8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris buffer；压力 ambient NMR测量条件 pH 8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris buffer；压力 ambient NMR样品组成 0.4mM U-15N IFNAR2-EC; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3 \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.35mM U-13C,15N IFNAR2-EC; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3 \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.3mM U-13C,15N IFNAR2-EC; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3 \| 99% D2O	分辨率未提供
2LAG Structure of the 44 kDa complex of interferon-alpha2 with the extracellular part of IFNAR2 obtained by 2D-double difference NOESY 提交 2011-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–239（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient NMR样品组成 0.25 mM [U-99% 2H] Interferon alpha/beta receptor 2, 0.25 mM [U-99% 2H] Interferon alpha-2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3S9D binary complex between IFNa2 and IFNAR2 提交 2011-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–232（196 aa）片段：UNP Residues 37-232	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 293 K；20% (w/v) PEG 3350, 200 mM NaSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3S9D binary complex between IFNa2 and IFNAR2 提交 2011-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 37–232（196 aa）片段：UNP Residues 37-232	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 293 K；20% (w/v) PEG 3350, 200 mM NaSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3SE3 human IFNa2-IFNAR ternary complex 提交 2011-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 34–232（199 aa）片段：UNP Residues 34-232	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% (w/v) PEG 3350, 100 mM Na malonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.00 Å R-free 0.311
3SE4 human IFNw-IFNAR ternary complex 提交 2011-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 34–232（199 aa）片段：UNP Residues 34-232	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；19% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.288

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INAR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–105； UniProt 131–232 作者链 B； PDB构建体 4–105； UniProt 131–232 作者链 C； PDB构建体 4–105； UniProt 131–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3s8w
沉积日期 deposition_date	2011-05-31
结构标题 title	D2 domain of human IFNAR2
关键词 keywords	;human, type I interferons, receptor chain, IFNAR2, fibronectin type III module, part of type I interferon receptor chain, interferon, extracellular space, SIGNALING PROTEIN RECEPTOR ;; SIGNALING PROTEIN RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.69 Å
零角强度 I(0) i0	12569400.00
分子量 molecular_weight	27916.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35530 Å³
包络体积 envelope_volume	43324 Å³
水化壳体积 shell_volume	18785 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.51 Å
包络 Rg envelope_rg	19.95 Å
形状 Rg shape_rg	19.72 Å
总 Rg total_rg	20.54 Å
总原子数 total_atoms	1952
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8031
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.203
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4476000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interferon alpha/beta receptor 2
分子量 formula_weight	12047.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	1992

ADPDMSFEPPEFEIVGFTNHINVMVKFPSIVEEELQFDLSLVIEEQSEGIVKKHKPEIKGNMSGNFTYIIDKLIPNTNYCVSVYLEHSDEQAVIKSPLKCTLLPP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3s8wA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3s8wB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3s8wC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.660 Å
晶胞边长 b length_b	82.660 Å
晶胞边长 c length_c	225.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.925 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2700

fit	/app/data/saxs_computation/s8/3s8w/3s8w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s8/3s8w/3s8w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s8/3s8w/3s8w.dat

D2 domain of human IFNAR2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon alpha/beta receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction