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3saf

Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.4 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome component 10

Homo sapiens

UniProt Q01780

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 180–606 片段：UNP residues 180-606 突变：D313N MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 180–606 片段：UNP residues 180-606 突变：D313N MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3SAF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CPR Solution structure of the HRDC domain of human Exosome component 10 提交 2005-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 483–593（111 aa） 片段：HRDC
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.45mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 180–606（427 aa） 片段：UNP residues 180-606
突变：D313N YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 180–606（427 aa） 片段：UNP residues 180-606
突变：D313N YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 180–606（427 aa） 片段：UNP residues 180-606
突变：Y436A YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.265
3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 180–606（427 aa） 片段：UNP residues 180-606
突变：Y436A YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.265
6D6Q Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction 提交 2018-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 J 1–648（648 aa）
链 J 705–804（100 aa）
突变：D313N 突变：D313N MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
分辨率 3.45 Å
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 J 1–648（648 aa）
链 J 705–804（100 aa）
突变：D313N 突变：D313N ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
分辨率 3.45 Å
7MQA Cryo-EM structure of the human SSU processome, state post-A1 提交 2021-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric
链 NV 1–885（885 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 64 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EXOSX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–428； UniProt 180–606 作者链 B； PDB构建体 2–428； UniProt 180–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3saf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3saf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3saf
沉积日期 deposition_date2011-06-02
结构标题 titleCrystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site
关键词 keywordsexoribonuclease, RNA exosome, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.90 Å
零角强度 I(0) i0124143000.00
分子量 molecular_weight89745.0 kDa
排除体积 excluded_volume112850 ų
包络体积 envelope_volume146690 ų
水化壳体积 shell_volume38844 ų
包络直径 envelope_diameter117.8 Å
壳层 Rg shell_rg38.18 Å
包络 Rg envelope_rg31.76 Å
形状 Rg shape_rg31.86 Å
总 Rg total_rg32.59 Å
总原子数 total_atoms6309
残基数 n_residues761
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.4 Å
Rg (实空间) rg_real32.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal124100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9014
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.7 Å
偏度 Skewness skewness0.238
峰度 Kurtosis kurtosis-0.516
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23720000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.937
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3safA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id3safA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — HRDC domain
结构域编号 domain_id3safB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id3safB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — HRDC domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)