SAXSdb — 3saw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA GLYCOSYLASE

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(AGPGPTPAPGPAPCPAPAPGPGPAPCPGPC)-3' × 1 5'-D(TPGPCPGPTPCCPTPTPGPTP(CX2)PTPAPCPC)-3' × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P84131_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–273； UniProt 2–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3saw
沉积日期 deposition_date	2011-06-03
结构标题 title	MUTM Slanted complex 8 with R112A mutation
关键词 keywords	;DNA GLYCOSYLASE, DNA REPAIR, DAMAGE SEARCH, TRANSLOCATION, DISULFIDE CROSSLINKING, DNA DAMAGE, DNA-BINDING, GLYCOSIDASE, HYDROLASE, LYASE, METAL-BINDING, MULTIFUNCTIONAL ENZYME, ZINC-FINGER, HYDROLASE-DNA complex ;; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3saw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3saw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3saw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.98 Å
Rg（电子密度）	20.23 Å
总 Rg	21.04 Å
原子数	2372
残基数	272
排除体积	40998 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3saw__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA GLYCOSYLASE
分子量 formula_weight	30497.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.99.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2470

PELPEVETIRRTLLPLIVGKTIEDVRIFWPNIIRHPRDSEAFAARMIGQTVRGLERRGKFLKFLLDRDALISHLRMEGRYAVASALEPLEPHTHVVFCFTDGSELRYRDVAKFGTMHVYAKEEADRRPPLAELGPEPLSPAFSPAVLAERAVKTKRSVKALLLDCTVVAGFGNIYVDESLFRAGILPGRPAASLSSKEIERLHEEMVATIGEAVMKGGSTVRTYVNTQGEAGTFQHHLYVYGRQGNPCKRCGTPIEKTVVAGRGTHYCPRCQR

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
通用名 common_name	Bacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(AGPGPTPAPGPAPCPAPAPGPGPAPCPGPC)-3'
分子量 formula_weight	4981.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AGGTAGACAAGGACGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(TPGPCPGPTPCCPTPTPGPTP(CX2)PTPAPCPC)-3'
分子量 formula_weight	4875.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TGCGTCCTTGTXTACC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3sawa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.113 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
超家族 Superfamily superfamily	b.113.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
家族 Family family	b.113.1.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d3sawa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.156 — S13-like H2TH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.156.1 — S13-like H2TH domain
家族 Family family	a.156.1.2 — Middle domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d3sawa3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.8 — C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3sawA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	190 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MutM-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sawA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	45.295 Å
晶胞边长 b length_b	97.299 Å
晶胞边长 c length_c	102.736 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	26.300 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2350

MUTM Slanted complex 8 with R112A mutation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA GLYCOSYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3saw__assembly_1__model_1

3saw__assembly_1__model_1 | I(q)

3saw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

MUTM Slanted complex 8 with R112A mutation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA GLYCOSYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3saw__assembly_1__model_1

3saw__assembly_1__model_1 | I(q)

3saw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)