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3shd

Crystal structure of Nudix hydrolase Orf153, ymfB, from Escherichia coli K-1

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatase nudJ

Escherichia coli

UniProt A1AA28

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
13 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 water × 2 与蛋白数一致
14 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 water × 2 与蛋白数一致
15 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 water × 2 与蛋白数一致
16 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 water × 2 与蛋白数一致
17 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 water × 2 与蛋白数一致
18 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 MANGANESE (II) ION × 2 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3dku 3dku 3dku 3dku 3dku 3dku 3dku 3dku 3shd 3shd 3shd 3shd

共 20 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
3shd 3shd 3shd 3shd 3shd 3shd

共 6 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUDJ_ECOK1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 C； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 D； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 E； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 F； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 G； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 H； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 I； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 J； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 K； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 L； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3shd
沉积日期 deposition_date2011-06-16
结构标题 titleCrystal structure of Nudix hydrolase Orf153, ymfB, from Escherichia coli K-1
关键词 keywordsNudix fold, Nudix motif, Hydrolase, (d)NDP/(d)NTP binding, dephosphorylation; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3shd__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3shd__assembly_6__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3shd__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）16.01 Å
Rg（电子密度）15.08 Å
总 Rg16.14 Å
原子数1225
残基数150
排除体积21663 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3shd__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3shd__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3shd__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3shd__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 3shd__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 3shd__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 3shd__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 3shd__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 3shd__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 3shd__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 3shd__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 3shd__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 3shd__assembly_13__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 3shd__assembly_14__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 3shd__assembly_15__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
16 1 3shd__assembly_16__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
17 1 3shd__assembly_17__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
18 1 3shd__assembly_18__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd3shda_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shde_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdi_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdk_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3shdl_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id3shdA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id3shdL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
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7. 引用文献 (1)