SAXSdb — 3sip

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Apoptosis 1 inhibitor × 4 （Q24306） ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Apoptosis 1 inhibitor × 2 （Q24306） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ICE_DROME
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–157； UniProt 78–230 作者链 C； PDB构建体 5–157； UniProt 78–230 作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 231–339 作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 231–339

Apoptosis 1 inhibitor

Drosophila melanogaster

UniProt Q24306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Caspase × 4 （O01382） Caspase × 4 （O01382） ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Caspase × 2 （O01382） Caspase × 2 （O01382） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IAP1_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–115； UniProt 31–145 作者链 F； PDB构建体 1–115； UniProt 31–145

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3sip
沉积日期 deposition_date	2011-06-20
结构标题 title	Crystal structure of drICE and dIAP1-BIR1 complex
关键词 keywords	caspase, BIR domain, HYDROLASE-LIGASE-HYDROLASE complex; HYDROLASE/LIGASE/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3sip__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3sip__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3sip__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.34 Å
Rg（电子密度）	34.40 Å
总 Rg	34.90 Å
原子数	11428
残基数	1424
排除体积	202380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3sip__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3sip__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase
分子量 formula_weight	17908.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5714

ALGSVTDRHAAEYNMRHKNRGMALIFNHEHFEVPTLKSRAGTNVDCENLTRVLKQLDFEVTVYKDCRYKDILRTIEYAASQNHSDSDCILVAILSHGEMGYIYAKDTQYKLDNIWSFFTANHCPSLAGKPKLFFIQACQGDRLDGGVTMQRSQTETD

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Apoptosis 1 inhibitor
分子量 formula_weight	13423.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
突变 mutation	C89S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

NNINKTRMNDLNREETRLKTFTDWPLDWLDKRQLAQTGMYFTHAGDKVKCFFCGVEIGSWEQEDQPVPEHQRWSPNCPLLRRRTTNNVPINAEALDRILPPISYDICGANDSTLE

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Caspase
分子量 formula_weight	12305.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GDSSMSYKIPVHADFLIAYSTVPGFYSWRNTTRGSWFMQSLCAELAANGKRLDILTLLTFVCQRVAVDFESCTPDTPEMHQQKQIPCITTMLTRILRFSDKQLAPAGRV

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3sipA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3sipB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	3sipC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	3sipD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	3sipE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A

结构域编号 domain_id	3sipF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A

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晶胞边长 a length_a	91.350 Å
晶胞边长 b length_b	148.115 Å
晶胞边长 c length_c	156.738 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.496 Å
最低分辨率 resolution_low	47.091 Å
R 因子 r_factor	0.2122
R_work r_work	0.2096
R_free r_free	0.2556

Crystal structure of drICE and dIAP1-BIR1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Apoptosis 1 inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sip__assembly_1__model_1

3sip__assembly_1__model_1 | I(q)

3sip__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of drICE and dIAP1-BIR1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Apoptosis 1 inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sip__assembly_1__model_1

3sip__assembly_1__model_1 | I(q)

3sip__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)