SAXSdb — 3slp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exonuclease

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–226 链 B； UniProt 1–226 链 C； UniProt 1–226	未记录	5'-D(GPCPGPAPCPTPAPGPTPCPGPC)-3' × 2 CA CALCIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；295 K；22% PEG3350, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Tris, 5 mM calcium chloride, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SLP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVQ TOROIDAL STRUCTURE OF LAMBDA EXONUCLEASE DETERMINED AT 2.4 ANGSTROMS 提交 1997-09-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	突变：20 AMINO ACID N-TERMINAL HIS-TAG 突变：20 AMINO ACID N-TERMINAL HIS-TAG 突变：20 AMINO ACID N-TERMINAL HIS-TAG	PO4 PHOSPHATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.7；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.2 M NH2SO4, 0.2 M NACL 0.1 M NAACETATE PH 4.7, AT 4 DEGREES CELSIUS., temperature 277K	分辨率 2.40 Å
3SM4 Crystal Structure of the K131A Mutant of Lambda Exonuclease in Complex with a 5'-Phosphorylated 14-mer/12-mer Duplex and Magnesium 提交 2011-06-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	突变：K131A 突变：K131A 突变：K131A	PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；19% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 5 mM magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.88 Å R-free 0.186
4WUZ Crystal structure of lambda exonuclease in complex with DNA and Ca2+ 提交 2014-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；295 K；23.4% PEG 3350, 0.3M sodium acetate, 0.1 M Tris	分辨率 2.38 Å R-free 0.319
6M9K Crystal structure of lambda exonuclease in complex with the Red beta C-terminal domain 提交 2018-08-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）链 C 1–226（226 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；PEG3350, LISO4, BIS-TRIS	分辨率 2.30 Å R-free 0.254

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXO_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–229； UniProt 1–226 作者链 B； PDB构建体 4–229； UniProt 1–226 作者链 C； PDB构建体 4–229； UniProt 1–226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3slp
沉积日期 deposition_date	2011-06-24
结构标题 title	Crystal Structure of Lambda Exonuclease in Complex with a 12 BP Symmetric DNA Duplex
关键词 keywords	;Type II Restriction Endonuclease Fold, 5'-3' dsDNA exonuclease, HYDROLASE-DNA complex ;; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.68 Å
零角强度 I(0) i0	133968000.00
分子量 molecular_weight	85500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104460 Å³
包络体积 envelope_volume	135480 Å³
水化壳体积 shell_volume	38964 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.38 Å
包络 Rg envelope_rg	27.97 Å
形状 Rg shape_rg	28.69 Å
总 Rg total_rg	29.37 Å
总原子数 total_atoms	5969
残基数 n_residues	702
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9121
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.144
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.603
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.948

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exonuclease
分子量 formula_weight	26222.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.11.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6460

GSHMTPDIILQRTGIDVRAVEQGDDAWHKLRLGVITASEVHNVIAKPRSGKKWPDMKMSYFHTLLAEVCTGVAPEVNAKALAWGKQYENDARTLFEFTSGVNVTESPIIYRDESMRTACSPDGLCSDGNGLELKCPFTSRDFMKFRLGGFEAIKSAYMAQVQYSMWVTRKNAWYFANYDPRMKREGLHYVVIERDEKYMASFDEIVPEFIEKMDEALAEIGFVFGEQWR

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPCPGPAPCPTPAPGPTPCPGPC)-3'
分子量 formula_weight	3663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E

GCGACTAGTCGC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	491

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3slpa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.13 — lambda exonuclease

结构域编号 domain_id	d3slpb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.13 — lambda exonuclease

结构域编号 domain_id	d3slpc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.13 — lambda exonuclease

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3slpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3slpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3slpC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.115 Å
晶胞边长 b length_b	80.115 Å
晶胞边长 c length_c	241.041 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	39.590 Å
R 因子 r_factor	0.2147
R_work r_work	0.2114
R_free r_free	0.2806

fit	/app/data/saxs_computation/sl/3slp/3slp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sl/3slp/3slp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sl/3slp/3slp.dat

Crystal Structure of Lambda Exonuclease in Complex with a 12 BP Symmetric DNA Duplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)