SAXSdb — 3slt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease espP

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 999–1300	片段：Autotransporter protein espP translocator (UNP residues 999-1300) 突变：N1023S	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；294 K；20% w/v PEG8000, 20% v/v glycerol, sodium acetate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.46 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SLT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QOM The crystal structure of the E.coli EspP autotransporter Beta-domain. 提交 2007-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1024–1300（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；294 K；0.34M Cymal-1, 1% octylglucoside, 33% PEG 1000, 0.2M NaCl, 0.1M Na cacodylate pH 6.4, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.66 Å R-free 0.284
2QOM The crystal structure of the E.coli EspP autotransporter Beta-domain. 提交 2007-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1024–1300（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；294 K；0.34M Cymal-1, 1% octylglucoside, 33% PEG 1000, 0.2M NaCl, 0.1M Na cacodylate pH 6.4, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.66 Å R-free 0.284
3SLJ Pre-cleavage Structure of the Autotransporter EspP - N1023A mutant 提交 2011-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 999–1300（302 aa）片段：Autotransporter protein espP translocator (UNP residues 999-1300)	突变：N1023A	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；294 K；20% w/v PEG8000, 20% v/v glycerol, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.48 Å R-free 0.237
3SLO Pre-cleavage Structure of the Autotransporter EspP - N1023D mutant 提交 2011-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 999–1300（302 aa）片段：Autotransporter protein espP translocator (UNP residues 999-1300)	突变：N1023D	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；294 K；18% w/v PEG8000, 20% v/v glycerol, 25 mM sodium acetate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.52 Å R-free 0.258
3SZE Crystal structure of the passenger domain of the E. coli autotransporter EspP 提交 2011-07-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 56–1023（968 aa）片段：passenger domain, UNP residues 56-1023	突变：S263A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18 22% PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.05 0.15M tri-lithium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.231
7TSZ BamABCDE bound to substrate EspP class 1 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7TT0 BamABCDE bound to substrate EspP class 2 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7TT1 BamABCDE bound to substrate EspP class 4 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7TT2 BamABCDE bound to substrate EspP class 3 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7TT3 BamABCDE bound to substrate EspP class 5 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7TT4 BamABCDE bound to substrate EspP class 6 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7TT5 BamABCDE bound to substrate EspP in the open-sheet EspP state 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7TT6 BamABCDE bound to substrate EspP in the intermediate-open EspP state 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7TT7 BamABCDE bound to substrate EspP in the barrelized EspP/continuous open BamA state 提交 2022-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 948–1298（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7TTC BamABCDE bound to substrate EspP 提交 2022-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 1024–1298（275 aa）	未记录	K33 2,3-dideoxy-6-O-[2-deoxy-4-O-phosphono-2-(tetradecanoylamino)-alpha-L-gulopyranosyl]-1-O-phosphono-beta-D-threo-hexopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7YE4 BAM-EspP complex structure with BamA-G431C and G781C/EspP-N1293C and A1043C mutations in nanodisc 提交 2022-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1300（353 aa）	突变：N1293C, A1043C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7YE6 BAM-EspP complex structure with BamA-N427C/EspP-R1297C mutations in nanodisc 提交 2022-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1300（353 aa）	突变：R1297C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8BNZ BAM-EspP complex structure with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc 提交 2022-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1300（353 aa）	突变：N1293C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8BO2 BAM-EspP complex structure with BamA-S425C/EspP-S1299C mutations in nanodisc 提交 2022-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1300（353 aa）	突变：S1299C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8Q0G Release Complex: BAM bound EspP and Compact SurA 提交 2023-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 P 948–1300（353 aa）	突变：S1299C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8QP5 Release Complex: BAM bound EspP (SurA released) 提交 2023-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 948–1300（353 aa）	突变：S1299C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8QPU Release Complex: BAM bound EspP and Extended SurA 提交 2023-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 P 948–1300（353 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
8SPR The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta1-12) complex 提交 2023-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 949–1300（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8SQA The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta8-12) complex 提交 2023-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1195–1300（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ESPP_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–313； UniProt 999–1300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3slt
沉积日期 deposition_date	2011-06-25
结构标题 title	Pre-cleavage Structure of the Autotransporter EspP - N1023S Mutant
关键词 keywords	beta barrel, membrane protein, asparagine cyclization, autocleavage, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.57 Å
零角强度 I(0) i0	20181500.00
分子量 molecular_weight	34545.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43396 Å³
包络体积 envelope_volume	52477 Å³
水化壳体积 shell_volume	21225 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.69 Å
包络 Rg envelope_rg	22.10 Å
形状 Rg shape_rg	21.58 Å
总 Rg total_rg	22.38 Å
总原子数 total_atoms	2442
残基数 n_residues	305
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6173
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.650
峰度 Kurtosis kurtosis	0.071
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.531; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.262; Positv: 1.000; Valcen: 0.651; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine protease espP
分子量 formula_weight	34434.0 kDa
突变 mutation	N1023S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2499

APKDNHHHHHHANKEATRNAAALFSVDYKAFLNEVSNLNKRMGDLRDINGEAGAWARIMSGTGSASGGFSDNYTHVQVGVDKKHELDGLDLFTGFTVTHTDSSASADVFSGKTKSVGAGLYASAMFDSGAYIDLIGKYVHHDNEYTATFAGLGTRDYSTHSWYAGAEAGYRYHVTEDAWIEPQAELVYGSVSGKQFAWKDQGMHLSMKDKDYNPLIGRTGVDVGKSFSGKDWKVTARAGLGYQFDLLANGETVLRDASGEKRIKGEKDSRMLMSVGLNAEIRDNVRFGLEFEKSAFGKYNVDNAVNANFRYSF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3sltA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 — Autotransporter beta-domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.162 Å
晶胞边长 b length_b	122.372 Å
晶胞边长 c length_c	122.098 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.460 Å
最低分辨率 resolution_low	30.590 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2122
R_free r_free	0.2661

fit	/app/data/saxs_computation/sl/3slt/3slt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sl/3slt/3slt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sl/3slt/3slt.dat

Pre-cleavage Structure of the Autotransporter EspP - N1023S Mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease espP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction