SAXSdb — 3so8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ankyrin repeat family A protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 149–310	片段：UNP residues 149-310	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；Peg 3350, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 1.90 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SO8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3V2O Crystal Structure of the Peptide Bound Complex of the Ankyrin Repeat Domains of Human ANKRA2 提交 2011-12-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–313（166 aa）片段：UNP residues 148-313 (ANK repeats)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M Hepes, pH 7.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.89 Å R-free 0.269
3V2X Crystal Structure of the Peptide Bound Complex of the Ankyrin Repeat Domains of Human ANKRA2 提交 2011-12-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–313（166 aa）片段：UNP residues 148-313 (ANK repeats)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2M NaCl, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.213
3V31 Crystal Structure of the Peptide Bound Complex of the Ankyrin Repeat Domains of Human ANKRA2 提交 2011-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–313（166 aa）片段：UNP residues 148-313 (ANK repeats)	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2M NaCl, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.57 Å R-free 0.204
4LG6 Crystal structure of ANKRA2-CCDC8 complex 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 142–313（172 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
4QQI Crystal structure of ANKRA2-RFX7 complex 提交 2014-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 142–313（172 aa）片段：UNP residues 142-313	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium hepes, 2.0 M ammonium sulfate, 2% PEG 400, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.03 Å R-free 0.269
8CXG Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis for Neutralization Efficacy 提交 2022-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）链 C 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8CXH Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis for Neutralization Efficacy 提交 2022-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）链 C 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8CXI Structures of Zika Virus in Complex with Antibodies Targeting E Dimer Epitopes and Basis for Neutralization Efficacy 提交 2022-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）链 C 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANRA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 149–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3so8
沉积日期 deposition_date	2011-06-30
结构标题 title	Crystal Structure of ANKRA
关键词 keywords	Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, ANK, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.02 Å
零角强度 I(0) i0	5620470.00
分子量 molecular_weight	17049.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21261 Å³
包络体积 envelope_volume	24839 Å³
水化壳体积 shell_volume	13121 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.0 Å
壳层 Rg shell_rg	21.87 Å
包络 Rg envelope_rg	17.54 Å
形状 Rg shape_rg	17.04 Å
总 Rg total_rg	17.82 Å
总原子数 total_atoms	1197
残基数 n_residues	162
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1060e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5476
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	18.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.523
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.072
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1712000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.527; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.291; Positv: 1.000; Valcen: 0.662; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3so8a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3so8A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.147 Å
晶胞边长 b length_b	40.776 Å
晶胞边长 c length_c	99.061 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.530 Å
R 因子 r_factor	0.2197
R_work r_work	0.2179
R_free r_free	0.2553

描述 description	Ankyrin repeat family A protein 2
分子量 formula_weight	17672.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1256

Crystal Structure of ANKRA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ankyrin repeat family A protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

fit	/app/data/saxs_computation/so/3so8/3so8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/so/3so8/3so8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/so/3so8/3so8.dat