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3so9

Darunavir in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 protease

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q000H7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–99 链 B； UniProt 1–99 片段：HIV-1 protease, UNP residues 1-99 突变：Q7K, L10I, M36V, M46L, I54V, I62V, L63P, A71V, V82T, I84V, L90M 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES and 2.4M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.87 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3SO9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3OQ7 Crystal Structures of Multidrug-Resistant Clinical Isolate 769 HIV-1 Protease Variants 提交 2010-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa） 片段：UNP residues 1-99
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.3-1.0M sodium chloride in the pH range 5.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.71 Å R-free 0.223
3OQA Crystal Structures of Multidrug-Resistant Clinical Isolate 769 HIV-1 Protease Variants 提交 2010-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa） 片段：UNP residues 1-99
突变：T82S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.3-1.0M sodium chloride in the pH range 5.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.25 Å R-free 0.238
3OQD Crystal Structures of Multidrug-Resistant Clinical Isolate 769 HIV-1 Protease Variants 提交 2010-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa） 片段：UNP residues 1-99
突变：T82F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.3-1.0M sodium chloride in the pH range 5.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.71 Å R-free 0.229
3OTY MDR769 HIV-1 protease complexed with RT/RH hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 01 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.236
3OU1 MDR769 HIV-1 protease complexed with RH/IN hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 01 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3OU3 MDR769 HIV-1 protease complexed with PR/RT hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 01 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3OU4 MDR769 HIV-1 protease complexed with TF/PR hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 01 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.232
3OUA MDR769 HIV-1 protease complexed with p1/p6 hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 01 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3OUB MDR769 HIV-1 protease complexed with NC/p1 hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 0.1 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.236
3OUC MDR769 HIV-1 protease complexed with p2/NC hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 0.1 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.262
3OUD MDR769 HIV-1 protease complexed with CA/p2 hepta-peptide 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 0.1 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
3PJ6 Crystal Structures of Multidrug-Resistant Clinical Isolate 769 HIV-1 Protease Variants 提交 2010-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa） 片段：UNP residues 1-99
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；300 K；0.3-1.0 M NaCl, pH 5.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 2.25 Å R-free 0.304
3R0W Crystal Structures of Multidrug-resistant HIV-1 Protease in Complex with Mechanism-Based Aspartyl Protease Inhibitors. 提交 2011-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 RSY N-[(2R)-1-{[(2S,3S)-5-{[(2R)-1-{[(2S)-1-amino-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino}-3-chloro-1-oxopropan-2-yl]amino}-3-hydroxy-5-oxo-1-phenylpentan-2-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；0.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.245
3R0Y Crystal Structures of Multidrug-resistant HIV-1 Protease in Complex with Mechanism-Based Aspartyl Protease Inhibitors 提交 2011-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 RSZ N-[(2S)-1-{[(2S,3S)-3-hydroxy-5-oxo-5-{[(2R)-1-oxo-3-phenyl-1-(prop-2-yn-1-ylamino)propan-2-yl]amino}-1-phenylpentan-2-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；0.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.231
3SPK Tipranavir in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant 提交 2011-07-01 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa） 片段：HIV-1 protease
链 B 1–99（99 aa） 片段：HIV-1 protease
突变：Q7K, L10I, M36V, M46L, I54V, I62V, L63P, A71V, V82T, I84V, L90M 突变：Q7K, L10I, M36V, M46L, I54V, I62V, L63P, A71V, V82T, I84V, L90M TPV N-(3-{(1R)-1-[(6R)-4-HYDROXY-2-OXO-6-PHENETHYL-6-PROPYL-5,6-DIHYDRO-2H-PYRAN-3-YL]PROPYL}PHENYL)-5-(TRIFLUOROMETHYL)-2-PYRIDINESULFONAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES and 2.4M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.24 Å R-free 0.227
4EYR Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 protease in complex with ritonavir 提交 2012-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa） 片段：UNP residues 1-99
链 B 1–99（99 aa） 片段：UNP residues 1-99
未记录 RIT RITONAVIR × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；295 K；0.8M NaCl, 0.1 M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
4FAE Substrate p2/NC in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant 提交 2012-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
突变：D25N, D35E, I36V, M46L 突变：D25N, D35E, I36V, M46L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；0.1 M citric acid, 2.4 M ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
4FAF Substrate CA/p2 in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant 提交 2012-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
突变：D25N, D35E, I36V, M46L 突变：D25N, D35E, I36V, M46L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1 M MES, 2.4 M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
4L1A Crystallographic study of multi-drug resistant HIV-1 protease Lopinavir complex: mechanism of drug recognition and resistance 提交 2013-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
链 B 1–99（99 aa）
未记录 AB1 N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；The hanging drop vapor diffusion method was used to form the bipyramidal crystals of the MDR 769 protease. Using a grid screen consisting of sodium chloride (0.7 to 1.4 M) and MES-HEPES buffer (pH 5.5 to 8.1), the HIV-1 protease substrate complex crystals formed overnight at 22 C. Routinely, 0.2 mm crystals, in the longest dimension, were obtained after 14 days of incubation. In each well, there were two droplets, containing 1 lL of protease substrate mixture, 1 lL of reservoir solution and 2 lL of protease substrate mixture, 1 lL of reservoir solution, respectively, 07 mL of well solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.260
4NKK Crystal structure of a multi-drug resistant clinical isolate-769 HIV-1 protease variant that is resistant to the dimerization inhibitory activity of TLF-PafF 提交 2013-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–99（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；0.3-1.0 M NaCl (precipitant), pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.249

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q000H7_9HIV1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3so9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3so9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3so9
沉积日期 deposition_date2011-06-30
结构标题 titleDarunavir in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant
关键词 keywordsmulti-drug resistance, HIV-1 protease, darunavir, protease inhibitor, HYDORLASE-HYDORLASE INHIBITOR complex; HYDORLASE/HYDORLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.28 Å
零角强度 I(0) i015924000.00
分子量 molecular_weight20411.0 kDa
排除体积 excluded_volume19904 ų
包络体积 envelope_volume32287 ų
水化壳体积 shell_volume15938 ų
包络直径 envelope_diameter65.7 Å
壳层 Rg shell_rg23.06 Å
包络 Rg envelope_rg17.68 Å
形状 Rg shape_rg17.30 Å
总 Rg total_rg17.98 Å
总原子数 total_atoms1552
残基数 n_residues198
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.7 Å
Rg (实空间) rg_real18.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15920000.0000
解质量估计 total_estimate0.7796
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.5 Å
偏度 Skewness skewness0.410
峰度 Kurtosis kurtosis-0.189
角度范围 angular_range— – 0.4400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7844000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.721; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3so9a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)
结构域编号 domain_idd3so9b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3so9A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3so9B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)