3sqd

Crystal structure of human PTIP BRCT5/6-gamma H2AX complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.7 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAX-interacting protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 860–1069	片段：BRCT 5-BRCT 6 domains	Histone H2A.x × 1 （P16104）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；287 K；18% PEG4000, 100mM Nacacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K	分辨率 2.15 Å R-free 0.248
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 860–1069	片段：BRCT 5-BRCT 6 domains	Histone H2A.x × 1 （P16104）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；287 K；18% PEG4000, 100mM Nacacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K	分辨率 2.15 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	PAXI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–219； UniProt 860–1069 作者链 B； PDB构建体 10–219； UniProt 860–1069

Histone H2A.x

物种未注明

UniProt P16104

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 134–143	片段：UNP residues 134-143 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PAX-interacting protein 1 × 1 （Q6ZW49）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；287 K；18% PEG4000, 100mM Nacacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K	分辨率 2.15 Å R-free 0.248
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 134–143	片段：UNP residues 134-143 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PAX-interacting protein 1 × 1 （Q6ZW49）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；287 K；18% PEG4000, 100mM Nacacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K	分辨率 2.15 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3SQD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D31 Crystal structure of disulfide-linked HLA-G dimer 提交 2005-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 78–86（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；CAPS, PEG8000, NaCl, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
2D31 Crystal structure of disulfide-linked HLA-G dimer 提交 2005-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 78–86（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；CAPS, PEG8000, NaCl, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
2DYP Crystal Structure of LILRB2(LIR2/ILT4/CD85d) complexed with HLA-G 提交 2006-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 78–86（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.0, 45% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
3SHV Crystal structure of human MCPH1 tandem BRCT domains-gamma H2AX complex 提交 2011-06-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 134–143（10 aa）片段：residues in UNP 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 100mM TRIS hydrochloride(pH 8.5), 30%(w/v) PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
3SHV Crystal structure of human MCPH1 tandem BRCT domains-gamma H2AX complex 提交 2011-06-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 134–143（10 aa）片段：residues in UNP 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 100mM TRIS hydrochloride(pH 8.5), 30%(w/v) PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
3SZM STRUCTURE OF HUMAN MICROCEPHALIN (MCPH1) TANDEM BRCT DOMAINS IN COMPLEX WITH A GAMMA-H2AX PHOSPHOPEPTIDE 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 134–143（10 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 134-143	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；20% PEG 4000, 0.1M (NH4)H2PO4, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE , PH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
6K1I Human nucleosome core particle with gammaH2A.X variant 提交 2019-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 23 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate	分辨率 2.75 Å R-free 0.277
6K1J Human nucleosome core particle with H2A.X variant 提交 2019-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Potassium Chloride, Manganese Chloride, Potassium Cacodylate	分辨率 2.85 Å R-free 0.319
6K1K Human nucleosome core particle with H2A.X S139E variant 提交 2019-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	突变：S139E variant 突变：S139E variant	CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 33 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate	分辨率 2.20 Å R-free 0.275
6ZWK Crystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histone H2AX in complex with a specific nanobody (C6 gammaXbody) 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 134–143（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate	分辨率 1.55 Å R-free 0.184
6ZWK Crystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histone H2AX in complex with a specific nanobody (C6 gammaXbody) 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 134–143（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate	分辨率 1.55 Å R-free 0.184
6ZWK Crystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histone H2AX in complex with a specific nanobody (C6 gammaXbody) 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 134–143（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate	分辨率 1.55 Å R-free 0.184
6ZWK Crystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histone H2AX in complex with a specific nanobody (C6 gammaXbody) 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 134–143（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate	分辨率 1.55 Å R-free 0.184
6ZWK Crystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histone H2AX in complex with a specific nanobody (C6 gammaXbody) 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 134–143（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate	分辨率 1.55 Å R-free 0.184
6ZWK Crystal structure of the phosphorylated C-terminal tail of histone H2AX in complex with a specific nanobody (C6 gammaXbody) 提交 2020-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 134–143（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate	分辨率 1.55 Å R-free 0.184
9MLL GammaH2AX containing nucleosomes, Parallel stack 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）链 N 1–143（143 aa）链 R 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9MLN GammaH2AX containing nucleosome, Canonical (Class 1) 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9MLR GammaH2AX containing nucleosome, Half-wrapped (Class 2) 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9MLS GammaH2AX containing nucleosome, Extended (Class 3) 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9MMK H2AX containing nucleosome, Canonical (Class 1) 提交 2024-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MMM H2AX containing nucleosomes, Parallel stack 提交 2024-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）链 N 1–143（143 aa）链 R 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9MMN H2AX containing nucleosomes, Left offset stack 提交 2024-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）链 N 1–143（143 aa）链 R 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9MMO H2AX containing nucleosomes, Right offset stack 提交 2024-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）链 N 1–143（143 aa）链 R 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9MMT H2AX containing nucleosome, Unwrapped (Class 2) 提交 2024-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）链 c 1–143（143 aa）链 g 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric	链 C 1–143（143 aa）链 G 1–143（143 aa）链 c 1–143（143 aa）链 g 1–143（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å

共 23 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2AX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–10； UniProt 134–143 作者链 D； PDB构建体 1–10； UniProt 134–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3sqd
沉积日期 deposition_date	2011-07-05
结构标题 title	Crystal structure of human PTIP BRCT5/6-gamma H2AX complex
关键词 keywords	tandem brct domains, H2AX, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.57 Å
零角强度 I(0) i0	37410000.00
分子量 molecular_weight	49306.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62580 Å³
包络体积 envelope_volume	81746 Å³
水化壳体积 shell_volume	25749 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.77 Å
包络 Rg envelope_rg	26.13 Å
形状 Rg shape_rg	26.56 Å
总 Rg total_rg	27.45 Å
总原子数 total_atoms	3468
残基数 n_residues	428
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9122
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	41.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.083
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.771
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.959

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PAX-interacting protein 1
分子量 formula_weight	25147.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3741

MGHHHHHHMKLTPELTPFVLFTGFEPVQVQQYIKKLYILGGEVAESAQKCTHLIASKVTRTVKFLTAISVVKHIVTPEWLEECFRCQKFIDEQNYILRDAEAEVLFSFSLEESLKRAHVSPLFKAKYFYITPGICPSLSTMKAIVECAGGKVLSKQPSFRKLMEHKQNSSLSEIILISCENDLHLCREYFARGIDVHNAEFVLTGVLTQTLDYESYKFN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2A.x
分子量 formula_weight	1235.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

KKATQASQEY

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	273

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3sqdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

结构域编号 domain_id	3sqdA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

结构域编号 domain_id	3sqdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

结构域编号 domain_id	3sqdB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.973 Å
晶胞边长 b length_b	101.812 Å
晶胞边长 c length_c	61.815 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.153 Å
最低分辨率 resolution_low	24.994 Å
R 因子 r_factor	0.1997
R_work r_work	0.1972
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/sq/3sqd/3sqd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sq/3sqd/3sqd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sq/3sqd/3sqd.dat

Crystal structure of human PTIP BRCT5/6-gamma H2AX complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAX-interacting protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2A.x

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)