3sr2

Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein XRCC4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Non-homologous end-joining factor 1 × 4 （Q9H9Q4）	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XRCC4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–145； UniProt 1–140 作者链 B； PDB构建体 6–145； UniProt 1–140 作者链 E； PDB构建体 6–145； UniProt 1–140 作者链 F； PDB构建体 6–145； UniProt 1–140

Non-homologous end-joining factor 1

Homo sapiens

UniProt Q9H9Q4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA repair protein XRCC4 × 4 （Q13426）	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NHEJ1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–229； UniProt 1–224 作者链 D； PDB构建体 6–229； UniProt 1–224 作者链 G； PDB构建体 6–229； UniProt 1–224 作者链 H； PDB构建体 6–229； UniProt 1–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3sr2
沉积日期 deposition_date	2011-07-06
结构标题 title	Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex
关键词 keywords	;XRCC4, XLF, NHEJ, DNA Repair, DNA, DNA Ligases, DNA-Binding Proteins, Dimerization, Humans, Protein Structure, Quaternary, Complex, Non-Homologous End Joining (NHEJ), DNA ligase IV, Ku, XLF-XRCC4, Protein DNA-interaction, DNA BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex ;; DNA BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3sr2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3sr2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3sr2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.64 Å
Rg（电子密度）	49.95 Å
总 Rg	49.70 Å
原子数	11363
残基数	1432
排除体积	203510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3sr2__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3sr2__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3sr2__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3sr2__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3sr2__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein XRCC4
分子量 formula_weight	16256.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	11363

GPLGSMERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGPADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-homologous end-joining factor 1
分子量 formula_weight	25868.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H

GPLGSMEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLDNLLRPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLLHMKDLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3sr2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	3sr2D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	3sr2E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2G02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	3sr2H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal

结构域编号 domain_id	3sr2H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 — Helix hairpin bin

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晶胞边长 a length_a	110.017 Å
晶胞边长 b length_b	110.017 Å
晶胞边长 c length_c	763.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.971 Å
最低分辨率 resolution_low	67.436 Å
R 因子 r_factor	0.3586
R_work r_work	0.3577
R_free r_free	0.3690

Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein XRCC4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Non-homologous end-joining factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sr2__assembly_1__model_1

3sr2__assembly_1__model_1 | I(q)

3sr2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein XRCC4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Non-homologous end-joining factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3sr2__assembly_1__model_1

3sr2__assembly_1__model_1 | I(q)

3sr2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)