SAXSdb — 3syn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar biosynthesis protein flhF

Bacillus subtilis

UniProt Q01960

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-binding protein YlxH × 1 （P40742） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-binding protein YlxH × 1 （P40742） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-binding protein YlxH × 1 （P40742） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-binding protein YlxH × 1 （P40742） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	ATP-binding protein YlxH × 4 （P40742） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4 ALUMINUM FLUORIDE × 4 SULFATE ION × 15 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLHF_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–296； UniProt 79–366 作者链 B； PDB构建体 9–296； UniProt 79–366 作者链 C； PDB构建体 9–296； UniProt 79–366 作者链 D； PDB构建体 9–296； UniProt 79–366

ATP-binding protein YlxH

物种未注明

UniProt P40742

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Flagellar biosynthesis protein flhF × 1 （Q01960） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Flagellar biosynthesis protein flhF × 1 （Q01960） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Flagellar biosynthesis protein flhF × 1 （Q01960） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Flagellar biosynthesis protein flhF × 1 （Q01960） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Flagellar biosynthesis protein flhF × 4 （Q01960） GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4 ALUMINUM FLUORIDE × 4 SULFATE ION × 15 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YLXH_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–23； UniProt 1–23 作者链 F； PDB构建体 1–23； UniProt 1–23 作者链 G； PDB构建体 1–23； UniProt 1–23 作者链 H； PDB构建体 1–23； UniProt 1–23

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3syn
沉积日期 deposition_date	2011-07-18
结构标题 title	Crystal structure of FlhF in complex with its activator
关键词 keywords	;SRP GTPASE, FLAGELLUM, PROTEIN TRANSPORT, BIOSYNTHETIC PROTEIN, GTPase ACTIVATING PROTEIN, Type 3 secretion system, GTP-binding protein ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3syn__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3syn__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3syn__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.24 Å
Rg（电子密度）	44.43 Å
总 Rg	44.36 Å
原子数	8919
残基数	1096
排除体积	159650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3syn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3syn__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3syn__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3syn__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3syn__assembly_5__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Flagellar biosynthesis protein flhF
分子量 formula_weight	33432.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9010

MGHHHHHHSSPKIEERTYPPQIPAQQELGDFSAYQSVLPEPLRKAEKLLQETGIKESTKTNTLKKLLRFSVEAGGLTEENVVGKLQEILCDMLPSADKWQEPIHSKYIVLFGSTGAGKTTTLAKLAAISMLEKHKKIAFITTDTYRIAAVEQLKTYAELLQAPLEVCYTKEEFQQAKELFSEYDHVFVDTAGRNFKDPQYIDELKETIPFESSIQSFLVLSATAKYEDMKHIVKRFSSVPVNQYIFTKIDETTSLGSVFNILAESKIGVGFMTNGQNVPEDIQTVSPLGFVRMLCR

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-binding protein YlxH
分子量 formula_weight	2845.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MQMNRYDQAATLRAKMEKRERVL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3synA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Flagellar FlhF biosynthesis protein, N domain

结构域编号 domain_id	3synA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3synB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Flagellar FlhF biosynthesis protein, N domain

结构域编号 domain_id	3synB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3synC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Flagellar FlhF biosynthesis protein, N domain

结构域编号 domain_id	3synC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3synD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Flagellar FlhF biosynthesis protein, N domain

结构域编号 domain_id	3synD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	50.790 Å
晶胞边长 b length_b	63.360 Å
晶胞边长 c length_c	114.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	92.26 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	94.25 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.063 Å
最低分辨率 resolution_low	63.091 Å
R 因子 r_factor	0.1838
R_work r_work	0.1809
R_free r_free	0.2388

Crystal structure of FlhF in complex with its activator

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar biosynthesis protein flhF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP-binding protein YlxH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3syn__assembly_5__model_1

3syn__assembly_5__model_1 | I(q)

3syn__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of FlhF in complex with its activator

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar biosynthesis protein flhF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-binding protein YlxH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3syn__assembly_5__model_1

3syn__assembly_5__model_1 | I(q)

3syn__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)