SAXSdb — 3t4n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon catabolite-derepressing protein kinase

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SNF1 protein kinase subunit beta-2 × 1 （P34164） Nuclear protein SNF4 × 1 （P12904） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNF1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–179； UniProt 457–633

SNF1 protein kinase subunit beta-2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P34164

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Carbon catabolite-derepressing protein kinase × 1 （P06782） Nuclear protein SNF4 × 1 （P12904） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–113； UniProt 304–415

Nuclear protein SNF4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P12904

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Carbon catabolite-derepressing protein kinase × 1 （P06782） SNF1 protein kinase subunit beta-2 × 1 （P34164） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNF4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–323； UniProt 2–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3t4n
沉积日期 deposition_date	2011-07-26
结构标题 title	Structure of the regulatory fragment of Saccharomyces cerevisiae AMPK in complex with ADP
关键词 keywords	CBS domain, Nucleotide binding, cytosol, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3t4n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3t4n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3t4n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.12 Å
Rg（电子密度）	27.45 Å
总 Rg	28.10 Å
原子数	4366
残基数	554
排除体积	78711 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3t4n__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carbon catabolite-derepressing protein kinase
分子量 formula_weight	20454.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4699

GPMDQYKEEDSTVSILPTSLPQIHRANMLAQGSPAASKISPLVTKKSKTRWHFGIRSRSYPLDVMGEIYIALKNLGAEWAKPSEEDLWTIKLRWKYDIGNKTNTNEKIPDLMKMVIQLFQIETNNYLVDFKFDGWESSYGDDTTVSNISEDEMSTFSAYPFLHLTTKLIMELAVNSQSN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SNF1 protein kinase subunit beta-2
分子量 formula_weight	13036.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEYTTDIPAVFTDPSVMERYYYTLDRQQSNTDTSWLTPPQLPPQLENVILNKYYATQDQFNENNSGALPIPNHVVLNHLVTSSIKHNTLCVASIVRYKQKYVTQILYTPIESS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nuclear protein SNF4
分子量 formula_weight	36512.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAKPTQDSQEKVSIEQQLAVESIRKFLNSKTSYDVLPVSYRLIVLDTSLLVKKSLNVLLQNSIVSAPLWDSKTSRFAGLLTTTDFINVIQYYFSNPDKFELVDKLQLDGLKDIERALGVDQLDTASIHPSRPLFEACLKMLESRSGRIPLIDQDEETHREIVVSVLTQYRILKFVALNCRETHFLKIPIGDLNIITQDNMKSCQMTTPVIDVIQMLTQGRVSSVPIIDENGYLINVYEAYDVLGLIKGGIYNDLSLSVGEALMRRSDDFEGVYTCTKNDKLSTIMDNIRKARVHRFFVVDDVGRLVGVLTLSDILKYILLGSN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3t4na_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.6 — KA1-like
家族 Family family	d.129.6.2 — Ssp2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3t4nc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3t4nc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3t4nA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kinase associated domain 1, KA1

结构域编号 domain_id	3t4nB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 —

结构域编号 domain_id	3t4nC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

结构域编号 domain_id	3t4nC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

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晶胞边长 a length_a	88.599 Å
晶胞边长 b length_b	251.214 Å
晶胞边长 c length_c	79.589 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2231
R_work r_work	0.2206
R_free r_free	0.2678

Structure of the regulatory fragment of Saccharomyces cerevisiae AMPK in complex with ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon catabolite-derepressing protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SNF1 protein kinase subunit beta-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear protein SNF4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t4n__assembly_1__model_1

3t4n__assembly_1__model_1 | I(q)

3t4n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the regulatory fragment of Saccharomyces cerevisiae AMPK in complex with ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon catabolite-derepressing protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SNF1 protein kinase subunit beta-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear protein SNF4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t4n__assembly_1__model_1

3t4n__assembly_1__model_1 | I(q)

3t4n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)