SAXSdb — 3t72

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1 RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （E8Y6A0,P00579）	与全部聚合物一致
10	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
11	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
12	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1 RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （E8Y6A0,P00579）	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
5	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
6	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
7	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
8	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
9	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHOB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 4； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 5； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 8； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 9； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 A； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 E； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 I； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 J； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 M； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 N； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 R； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 S； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 V； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 W； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 Z； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 c； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 d； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 g； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 h； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 k； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229 作者链 l； PDB构建体 1–102； UniProt 128–229

RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt E8Y6A0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB × 2 （P0AFJ5） PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB × 2 （P0AFJ5） PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E8Y6A0_ECOKO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 o； PDB构建体 85–99； UniProt 896–910 作者链 q； PDB构建体 85–99； UniProt 896–910

RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt P00579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB × 2 （P0AFJ5） PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB × 2 （P0AFJ5） PHO BOX DNA (STRAND 1) × 1 PHO BOX DNA (STRAND 2) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 o； PDB构建体 2–78； UniProt 533–609 作者链 q； PDB构建体 2–78； UniProt 533–609

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3t72
沉积日期 deposition_date	2011-07-29
结构标题 title	PhoB(E)-Sigma70(4)-(RNAP-Betha-flap-tip-helix)-DNA Transcription Activation Sub-Complex
关键词 keywords	WINGED-HELIX MOTIF, TRANSCRIPTION ACTIVATION, DNA-BINDING, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3t72__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3t72__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3t72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.83 Å
Rg（电子密度）	26.20 Å
总 Rg	26.72 Å
原子数	1060
残基数	52
排除体积	57690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3t72__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3t72__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3t72__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3t72__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3t72__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3t72__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3t72__assembly_7__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3t72__assembly_8__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3t72__assembly_9__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3t72__assembly_10__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`3t72__assembly_11__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`3t72__assembly_12__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
分子量 formula_weight	11971.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J,M,N,R,S,V,W,Z,1,4,5,8,9,c,d,g,h,k,l
原子数 atom_count	15354

VEEVIEMQGLSLDPTSHRVMAGEEPLEMGPTEFKLLHFFMTHPERVYSREQLLNHVWGTNVYVEDRTVDVHIRRLRKALEPGGHDRMVQTVRGTGYRFSTRF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PHO BOX DNA (STRAND 1)
分子量 formula_weight	8035.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O,T,X,2,6,a,e,i,m

TGGCTGTCATAAAGTTGTCACAAAAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PHO BOX DNA (STRAND 2)
分子量 formula_weight	7937.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P,U,Y,3,7,b,f,j,n

CACTTTTGTGACAACTTTATGACAGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	11080.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o,q

MDSATTESLRAATHDVLAGLTAREAKVLRMRFGIDMNTDYTLEEVGKQFDVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSEVLRSGSSGSGTPEEKLLRAIFGEKA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	277.300 Å
晶胞边长 b length_b	161.400 Å
晶胞边长 c length_c	260.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.330 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

PhoB(E)-Sigma70(4)-(RNAP-Betha-flap-tip-helix)-DNA Transcription Activation Sub-Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t72__assembly_1__model_1

3t72__assembly_1__model_1 | I(q)

3t72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

PhoB(E)-Sigma70(4)-(RNAP-Betha-flap-tip-helix)-DNA Transcription Activation Sub-Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor rpoD, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t72__assembly_1__model_1

3t72__assembly_1__model_1 | I(q)

3t72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)