SAXSdb — 3t98

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear pore complex protein Nup54

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	Nucleoporin Nup58/Nup45 × 32 （P70581） water × 96	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP54_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–51； UniProt 445–494 作者链 C； PDB构建体 2–51； UniProt 445–494

Nucleoporin Nup58/Nup45

Rattus norvegicus

UniProt P70581

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	Nuclear pore complex protein Nup54 × 64 （P70582） water × 96	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUPL1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–93； UniProt 327–415

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3t98
沉积日期 deposition_date	2011-08-02
结构标题 title	Molecular Architecture of the Transport Channel of the Nuclear Pore Complex: Nup54/Nup58
关键词 keywords	;Nup58, Nup54, Nup62 complex, nuclear import, coiled-coil, helix, hairpin, FG-repeat, nucleoporin, NPC, nuclear tranport, transport channel, Nup62, Nup45, Nup93, karyopherin, nuclear pore complex, nuclear pore domain, nuclear envelope, PROTEIN TRANSPORT ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3t98__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3t98__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3t98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	224.10 Å
总 Rg	223.30 Å
原子数	42816
残基数	5152
排除体积	766670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3t98__assembly_1__model_1`	96-meric （96）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear pore complex protein Nup54
分子量 formula_weight	6003.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	1394

MNHFGAVKSEEKYYIDADLLREIKQHLKQQQEGLSHLISIIKDDLEDIKLV

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoporin Nup58/Nup45
分子量 formula_weight	10781.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMAPADYFRVLVQQFEVQLQQYRQQIEELENHLATQANNSHITPQDLSMAMQKIYQTFVALAAQLQSIHENVKVLKEQYLSYRKMFLGDAG

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3t98B00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

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晶胞边长 a length_a	54.960 Å
晶胞边长 b length_b	54.960 Å
晶胞边长 c length_c	190.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2530
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2720

Molecular Architecture of the Transport Channel of the Nuclear Pore Complex: Nup54/Nup58

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear pore complex protein Nup54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoporin Nup58/Nup45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t98__assembly_1__model_1

3t98__assembly_1__model_1 | I(q)

3t98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Molecular Architecture of the Transport Channel of the Nuclear Pore Complex: Nup54/Nup58

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear pore complex protein Nup54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoporin Nup58/Nup45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t98__assembly_1__model_1

3t98__assembly_1__model_1 | I(q)

3t98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)