3tag

5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase

Escherichia phage RB69

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(CPCP(C37)PGPGPTPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPAPCPCP*A)-3') ; × 1 SULFATE ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(CPCP(C37)PGPGPTPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPAPCPCP*A)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(CPCP(C37)PGPGPTPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPAPCPCP*A)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(CPCP(C37)PGPGPTPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPAPCPCP*A)-3') ; × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL_BPR69
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–903； UniProt 1–903 作者链 B； PDB构建体 1–903； UniProt 1–903 作者链 C； PDB构建体 1–903； UniProt 1–903 作者链 D； PDB构建体 1–903； UniProt 1–903

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tag
沉积日期 deposition_date	2011-08-04
结构标题 title	5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43
关键词 keywords	Transferase-DNA complex; Transferase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tag__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tag__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tag__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.06 Å
Rg（电子密度）	32.03 Å
总 Rg	32.69 Å
原子数	8061
残基数	938
排除体积	141640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tag__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3tag__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3tag__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3tag__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed DNA polymerase
分子量 formula_weight	105069.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,3.1.11.-
突变 mutation	D222A, D327A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	31904

MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage RB69
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12353
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCP(C37)PGPGPTPAPTPGPAPCPAPGPCPCPGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5520.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,I,G,K

CCCGGTATGACAGCCGCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPGPGPCPTPGPTPCPAPTPAPCPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	4570.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,J,H,L

GCGGCTGTCATACCA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d3taga1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d3taga2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d3taga3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3tagb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d3tagb2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d3tagc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d3tagc2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d3tagd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d3tagd2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3tagA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	3tagA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	3tagA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	3tagA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	3tagA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	3tagA06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1820 — Ribonuclease H-like motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	3tagB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	3tagB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	3tagB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	3tagB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	3tagB05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	3tagB06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1820 — Ribonuclease H-like motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	3tagC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	3tagC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	3tagC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	3tagC04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	3tagC05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	3tagC06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1820 — Ribonuclease H-like motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	3tagD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	3tagD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	3tagD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	3tagD04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	3tagD05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	3tagD06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1820 — Ribonuclease H-like motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

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晶胞边长 a length_a	132.771 Å
晶胞边长 b length_b	123.028 Å
晶胞边长 c length_c	165.184 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	29.950 Å
R 因子 r_factor	0.2432
R_work r_work	0.2389
R_free r_free	0.2836

5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tag__assembly_1__model_1

3tag__assembly_1__model_1 | I(q)

3tag__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tag__assembly_1__model_1

3tag__assembly_1__model_1 | I(q)

3tag__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)