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3tca

Crystal structure of the Ras-associating and pleckstrin-homology domains of RIAM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1-interacting protein

Mus musculus

UniProt Q8R5A3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 150–437 片段：Ras-associating and PH domain, UNP residues 150-437 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；298 K；12% PEG3350, 100 mM LiAc, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.35 Å R-free 0.282
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 150–437 片段：Ras-associating and PH domain, UNP residues 150-437 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；298 K；12% PEG3350, 100 mM LiAc, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.35 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3TCA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4KVG Crystal structure of RIAM RA-PH domains in complex with GTP bound Rap1 提交 2013-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 179–437（259 aa） 片段：RA-PH domains (UNP residues 179-437)
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M ammonium sulfate, 0.1M Tris, 15% PEG 1500, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4KVG Crystal structure of RIAM RA-PH domains in complex with GTP bound Rap1 提交 2013-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 179–437（259 aa） 片段：RA-PH domains (UNP residues 179-437)
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M ammonium sulfate, 0.1M Tris, 15% PEG 1500, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4W8P Crystal structure of RIAM TBS1 in complex with talin R7R8 domains 提交 2014-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 5–25（21 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM NaCl, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 20% (v/v) ethylene glycol
分辨率 1.50 Å R-free 0.242
4W8P Crystal structure of RIAM TBS1 in complex with talin R7R8 domains 提交 2014-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 5–25（21 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM NaCl, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 20% (v/v) ethylene glycol
分辨率 1.50 Å R-free 0.242
6O6H RIAM cc-RA-PH structure in the P21212 space group 提交 2019-03-06 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 150–437（288 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM sodium malonate pH 6.0, 16% PEG 3350, 3% 1,4-dioxane
分辨率 2.50 Å R-free 0.281
6OLU RIAM RA-PH core structure in the P212121 space group 提交 2019-04-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 179–437（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；8% v/v Tacsimate pH 6, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.256

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AB1IP_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–291； UniProt 150–437 作者链 B； PDB构建体 4–291； UniProt 150–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3tca

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3tca
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3tca
沉积日期 deposition_date2011-08-08
结构标题 titleCrystal structure of the Ras-associating and pleckstrin-homology domains of RIAM
关键词 keywordsRA DOMAIN, RBD, PH DOMAIN, RAP1-INTERACTING ADAPTOR MOLECULE, INTEGRIN SIGNALING, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.10 Å
零角强度 I(0) i052298800.00
分子量 molecular_weight56791.0 kDa
排除体积 excluded_volume71311 ų
包络体积 envelope_volume88988 ų
水化壳体积 shell_volume29689 ų
包络直径 envelope_diameter90.0 Å
壳层 Rg shell_rg32.24 Å
包络 Rg envelope_rg24.94 Å
形状 Rg shape_rg25.06 Å
总 Rg total_rg26.05 Å
总原子数 total_atoms3995
残基数 n_residues491
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.1 Å
Rg (实空间) rg_real26.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real5.2300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8964
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary83.7 Å
偏度 Skewness skewness0.299
峰度 Kurtosis kurtosis-0.326
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9793000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.967
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3tcaA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3tcaA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id3tcaB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3tcaB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)