SAXSdb — 3tcj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CcdB

Aliivibrio fischeri

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein CcdA × 1 （P62553） ACETATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q84B82_VIBFI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 1–105 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 1–105

Protein CcdA

物种未注明

UniProt P62553

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CcdB × 2 （Q84B82） ACETATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCDA_ECO57
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–36； UniProt 37–72

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tcj
沉积日期 deposition_date	2011-08-09
结构标题 title	CcdB dimer from V. fisheri in complex with one C-terminal domain of F-plasmid CcdA
关键词 keywords	ALPHA+BETA SH3 domain intrinsically disordered, TOXIN-ANTITOXIN complex; TOXIN/ANTITOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tcj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tcj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tcj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.40 Å
Rg（电子密度）	17.16 Å
总 Rg	18.10 Å
原子数	1853
残基数	240
排除体积	33255 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tcj__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CcdB
分子量 formula_weight	11879.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2069

MSQFTLYKNKDKSSAKTYPYFVDVQSDLLDNLNTRLVIPLTPIELLDKKAPSHLCPTIHIDEGDFIMLTQQMTSVPVKILSEPVNELSTFRNEIIAAIDFLITGI

来源 Source

来源生物 organism	Aliivibrio fischeri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	668
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein CcdA
分子量 formula_weight	4376.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

RRLRAERWKAENQEGMAEVARFIEMNGSFADENRDW

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	205

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3tcjA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	3tcjB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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晶胞边长 a length_a	46.864 Å
晶胞边长 b length_b	62.561 Å
晶胞边长 c length_c	81.951 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	19.470 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2520

CcdB dimer from V. fisheri in complex with one C-terminal domain of F-plasmid CcdA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CcdB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein CcdA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tcj__assembly_1__model_1

3tcj__assembly_1__model_1 | I(q)

3tcj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

CcdB dimer from V. fisheri in complex with one C-terminal domain of F-plasmid CcdA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CcdB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein CcdA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tcj__assembly_1__model_1

3tcj__assembly_1__model_1 | I(q)

3tcj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)