3tdu

N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-acetylated Ubc12N complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DCN1-like protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96GG9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Cullin-1 × 1 (Q13616) NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 (P61081) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Cullin-1 × 1 (Q13616) NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 (P61081) water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCNL1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–200; UniProt 62–259 作者链 B; PDB构建体 3–200; UniProt 62–259

Cullin-1

Homo sapiens

UniProt Q13616

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 DCN1-like protein 1 × 1 (Q96GG9) NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 (P61081) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 DCN1-like protein 1 × 1 (Q96GG9) NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 (P61081) water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CUL1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–77; UniProt 702–776 作者链 D; PDB构建体 3–77; UniProt 702–776

NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

物种未注明

UniProt P61081

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 DCN1-like protein 1 × 1 (Q96GG9) Cullin-1 × 1 (Q13616) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 DCN1-like protein 1 × 1 (Q96GG9) Cullin-1 × 1 (Q13616) water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBC12_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 3–16; UniProt 2–15 作者链 F; PDB构建体 3–16; UniProt 2–15

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3tdu
沉积日期 deposition_date2011-08-11
结构标题 titleN-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-acetylated Ubc12N complex
关键词 keywordsE2:E3, Ligase-protein binding complex; Ligase/protein binding
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tdu__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tdu__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tdu__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.39 Å
Rg(电子密度)22.41 Å
总 Rg23.41 Å
原子数2351
残基数285
排除体积42309 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3tdu__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3tdu__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3tduA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3tduB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3tduC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id3tduD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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7. 引用文献 (1)