3tgo

Crystal structure of the E. coli BamCD complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPF0169 lipoprotein yfiO

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lipoprotein 34 × 1 （P0A903） POTASSIUM ION × 1 GLYCEROL × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lipoprotein 34 × 1 （P0A903） GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Lipoprotein 34 × 2 （P0A903） POTASSIUM ION × 1 GLYCEROL × 4 CHLORIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Lipoprotein 34 × 4 （P0A903） POTASSIUM ION × 2 GLYCEROL × 8 CHLORIDE ION × 2 PHOSPHATE ION × 2 SODIUM ION × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YFIO_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–229； UniProt 21–245 作者链 B； PDB构建体 5–229； UniProt 21–245

Lipoprotein 34

Escherichia coli

UniProt P0A903

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UPF0169 lipoprotein yfiO × 1 （P0AC02） POTASSIUM ION × 1 GLYCEROL × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UPF0169 lipoprotein yfiO × 1 （P0AC02） GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	UPF0169 lipoprotein yfiO × 2 （P0AC02） POTASSIUM ION × 1 GLYCEROL × 4 CHLORIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	UPF0169 lipoprotein yfiO × 4 （P0AC02） POTASSIUM ION × 2 GLYCEROL × 8 CHLORIDE ION × 2 PHOSPHATE ION × 2 SODIUM ION × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NLPB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–323； UniProt 26–344 作者链 D； PDB构建体 5–323； UniProt 26–344

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tgo
沉积日期 deposition_date	2011-08-17
结构标题 title	Crystal structure of the E. coli BamCD complex
关键词 keywords	lipoprotein complex, TPR repeat, helix-grip fold, Outer membrane protein assembly, outer membrane, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tgo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tgo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tgo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.10 Å
Rg（电子密度）	26.89 Å
总 Rg	27.44 Å
原子数	3142
残基数	398
排除体积	55547 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tgo__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3tgo__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3tgo__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3tgo__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UPF0169 lipoprotein yfiO
分子量 formula_weight	26127.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6466

GSHMSGSKEEVPDNPPNEIYATAQQKLQDGNWRQAITQLEALDNRYPFGPYSQQVQLDLIYAYYKNADLPLAQAAIDRFIRLNPTHPNIDYVMYMRGLTNMALDDSALQGFFGVDRSDRDPQHARAAFSDFSKLVRGYPNSQYTTDATKRLVFLKDRLAKYEYSVAEYYTERGAWVAVVNRVEGMLRDYPDTQATRDALPLMENAYRQMQMNAQAEKVAKIIAANSSNT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lipoprotein 34
分子量 formula_weight	34711.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSHMSSDSRYKRQVSGDEAYLEAAPLAELHAPAGMILPVTSGDYAIPVTNGSGAVGKALDIRPPAQPLALVSGARTQFTGDTASLLVENGRGNTLWPQVVSVLQAKNYTITQRDDAGQTLTTDWVQWNRLDEDEQYRGRYQISVKPQGYQQAVTVKLLNLEQAGKPVADAASMQRYSTEMMNVISAGLDKSATDAANAAQNRASTTMDVQSAADDTGLPMLVVRGPFNVVWQRLPAALEKVGMKVTDSTRSQGNMAVTYKPLSDSDWQELGASDPGLASGDYKLQVGDLDNRSSLQFIDPKGHTLTQSQNDALVAVFQAAFSK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3tgoA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3tgoB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3tgoC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	530 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3tgoD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	530 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	73.780 Å
晶胞边长 b length_b	133.380 Å
晶胞边长 c length_c	144.992 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	97.450 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.2430

Crystal structure of the E. coli BamCD complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPF0169 lipoprotein yfiO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lipoprotein 34

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tgo__assembly_1__model_1

3tgo__assembly_1__model_1 | I(q)

3tgo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the E. coli BamCD complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPF0169 lipoprotein yfiO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lipoprotein 34

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tgo__assembly_1__model_1

3tgo__assembly_1__model_1 | I(q)

3tgo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)