SAXSdb — 3tiq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface protein G

Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 419–629	片段：UNP Residues 419-629	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.87 Å R-free 0.266
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 419–629	片段：UNP Residues 419-629	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.87 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3TIQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3TIP Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG E-G52 module 提交 2011-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 502–629（128 aa）片段：UNP Residues 498-629	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；0.2M ammonium chloride, 20% PEG3350, pH 7.4, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
4WVE Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG G52-E2-G53 module 提交 2014-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 545–757（213 aa）片段：UNP residues 545-757	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, 30% PEG400, pH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.249
4WVE Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG G52-E2-G53 module 提交 2014-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 545–757（213 aa）片段：UNP residues 545-757	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, 30% PEG400, pH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.249
5DBL Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG E1-G52 Y625W mutant 提交 2015-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 502–629（128 aa）片段：UNP residues 498-629	突变：Y625W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；100 mM citrate pH 5, 20% PEG 6000	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
7SMH Structure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus aureus 提交 2021-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–423（280 aa）片段：A domain (UNP residues 144-423)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
7SMH Structure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus aureus 提交 2021-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 144–423（280 aa）片段：A domain (UNP residues 144-423)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
7SMH Structure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus aureus 提交 2021-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 144–423（280 aa）片段：A domain (UNP residues 144-423)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
7SMH Structure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus aureus 提交 2021-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 144–423（280 aa）片段：A domain (UNP residues 144-423)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.226

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SASG_STAA8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–214； UniProt 419–629 作者链 B； PDB构建体 4–214； UniProt 419–629

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tiq
沉积日期 deposition_date	2011-08-21
结构标题 title	Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG G51-E-G52 module
关键词 keywords	single-layer beta sheet, biofilm formation, surface, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.41 Å
零角强度 I(0) i0	33372200.00
分子量 molecular_weight	47103.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59304 Å³
包络体积 envelope_volume	107690 Å³
水化壳体积 shell_volume	20269 Å³
包络直径 envelope_diameter	246.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.94 Å
包络 Rg envelope_rg	63.29 Å
形状 Rg shape_rg	60.25 Å
总 Rg total_rg	59.87 Å
总原子数 total_atoms	3315
残基数 n_residues	424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	224.2 Å
Rg (实空间) rg_real	58.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	4.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6396
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.783
峰度 Kurtosis kurtosis	0.076
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0013
最高正则化参数 α highest_alpha	2941000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.108; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.054; Smooth: 0.932

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Surface protein G
分子量 formula_weight	23709.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3960

PHMAPKTITELEKKVEEIPFKKERKFNPDLAPGTEKVTREGQKGEKTITTPTLKNPLTGVIISKGEPKEEITKDPINELTEYGPETIAPGHRDEFDPKLPTGEKEEVPGKPGIKNPETGDVVRPPVDSVTKYGPVKGDSIVEKEEIPFEKERKFNPDLAPGTEKVTREGQKGEKTITTPTLKNPLTGEIISKGESKEEITKDPINELTEYGPET

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	93061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	636

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3tiqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	230 — Resuscitation-promoting factor rpfb fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3tiqB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	230 — Resuscitation-promoting factor rpfb fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.486 Å
晶胞边长 b length_b	84.771 Å
晶胞边长 c length_c	71.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.874 Å
最低分辨率 resolution_low	41.297 Å
R 因子 r_factor	0.2083
R_work r_work	0.2052
R_free r_free	0.2662

fit	/app/data/saxs_computation/ti/3tiq/3tiq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ti/3tiq/3tiq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ti/3tiq/3tiq.dat

Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG G51-E-G52 module

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction