SAXSdb — 3tjz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Coatomer subunit gamma × 1 （P53620） Coatomer subunit zeta-1 × 1 （P35604） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Coatomer subunit gamma × 1 （P53620） Coatomer subunit zeta-1 × 1 （P35604） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 18–181 作者链 D； PDB构建体 1–164； UniProt 18–181

Coatomer subunit gamma

Bos taurus

UniProt P53620

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P11076） Coatomer subunit zeta-1 × 1 （P35604） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P11076） Coatomer subunit zeta-1 × 1 （P35604） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COPG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 E； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355

Coatomer subunit zeta-1

Bos taurus

UniProt P35604

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P11076） Coatomer subunit gamma × 1 （P53620） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P11076） Coatomer subunit gamma × 1 （P53620） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COPZ1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153 作者链 F； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3tjz
沉积日期 deposition_date	2011-08-25
结构标题 title	Crystal Structure of Arf1 Bound to the gamma/zeta-COP Core Complex
关键词 keywords	protein trafficking, Golgi membrane, protein transport-protein binding complex; protein transport/protein binding
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3tjz__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3tjz__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3tjz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.27 Å
Rg（电子密度）	27.60 Å
总 Rg	28.21 Å
原子数	4467
残基数	559
排除体积	79923 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3tjz__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3tjz__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 1
分子量 formula_weight	18665.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8970

MRILMVGLDGAGKTTVLYKLKLGEVITTIPTIGFNVETVQYKNISFTVWDVGGQDRIRSLWRHYYRNTEGVIFVVDSNDRSRIGEAREVMQRMLNEDELRNAAWLVFANKQDLPEAMSAAEITEKLGLHSIRNRPWFIQATCATSGEGLYEGLEWLSNSLKNST

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coatomer subunit gamma
分子量 formula_weight	39375.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MLKKFDKKDEESGGGSNPFQHLEKSAVLQEARVFNETPINPRKCAHILTKILYLINQGEHLGTTEATEAFFAMTKLFQSNDPTLRRMCYLTIKEMSCIAEDVIIVTSSLTKDMTGKEDSYRGPAVRALCQITDSTMLQAIERYMKQAIVDKVPSVSSSALVSSLHLLKCSFDVVKRWVNEAQEAASSDNIMVQYHALGLLYHVRKNDRLAVSKMISKFTRHGLKSPFAYCMMIRVASRQLEDEDGSRDSPLFDFIESCLRNKHEMVVYEAASAIVNLPGCSAKELAPAVSVLQLFCSSPKAALRYAAVRTLNKVAMKHPSAVTACNLDLENLVTDANRSIATLAITTLLKTGSEG

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cow
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Coatomer subunit zeta-1
分子量 formula_weight	17480.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MEALILEPSLYTVKAILILDNDGDRLFAKYYDDTYPSVKEQKAFEKNIFNKTHRTDSEIALLEGLTVVYKSSIDLYFYVIGSSYENELMLMTVLNCLFDSLSQMLRKNVEKRALLENMEGLFLAVDEIVDGGVILESDPQQVVHRVALRGEDV

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cow
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3tjza_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3tjzd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3tjzA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3tjzB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	3tjzC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3tjzD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3tjzE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	3tjzF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	163.579 Å
晶胞边长 b length_b	163.579 Å
晶胞边长 c length_c	145.188 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	45.000 Å
R 因子 r_factor	0.2087
R_work r_work	0.2062
R_free r_free	0.2602

Crystal Structure of Arf1 Bound to the gamma/zeta-COP Core Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Coatomer subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Coatomer subunit zeta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tjz__assembly_2__model_1

3tjz__assembly_2__model_1 | I(q)

3tjz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Arf1 Bound to the gamma/zeta-COP Core Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Coatomer subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Coatomer subunit zeta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3tjz__assembly_2__model_1

3tjz__assembly_2__model_1 | I(q)

3tjz__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)